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* 七、蛋白质性质和结构分析 序列相似的蛋白质具有相似的三维结构 不同蛋白质中相同的结构域（domain）具有相似的功能 分析蛋白质的功能 许多生物信息学网站具有分析蛋白质性质和结构的软件 一级结构：氨基酸的排列顺序 二级结构：主要由氢键维系的结果（α-helix、β-sheet） 三级结构：二级结构进一步折叠形成的结构域 ExPASy (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.ch/ Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) 的分析工具 蛋白质序列分析 蛋白质性质分析 蛋白质结构分析 2－D PAGE 分析 （一） 分析蛋白质的一级结构 一级结构：蛋白质的氨基酸序列 分析内容 蛋白质的氨基酸组成 等电点（pI） 分子量（molecular weight, Mw） 疏水性（hydrophobicity） 其它 1. 分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成 ExPASy 主页选择 Primary structure analysis 在“Primary structure analysis”栏目选择“ProtParam”分析软件 在ProtParam主页粘贴序列进行分析 蛋白质的 pI、Mw、氨基酸组成等 2. 分析蛋白质的疏水性 ExPASy 主页选择 Primary structure analysis 在“Primary structure analysis”栏目选择“ProtScale”分析软件 在ProtScale主页粘贴序列、选择分析方法 蛋白质的亲水和疏水性分析结果，有图形显示的分析结果 3. 分析蛋白质的重复序列 在“Primary structure analysis”栏目选择“REP”分析软件 在REP主页粘贴序列、选择分析方法 分析结果 V TALeLPN VPLQG ELSSH LGNISF L FILNLTN TGLTG SVPNK IGRLRR L ELLDLGH NAMSG GIPAA IGNLTR L QLLNLQF NQLYG PIPAE LQGLhS L GsMNLrh NYLTG sIPDD LFNNTPLL TYLNVGN NSLSG LIPgC IGSLPI L QhLnFQa NNLTG AVPPA IFNMSK L StISLis NGLTG PIPGnT SFSLPV L RWFaIsK NNFFG QIPlG LAACPY L QVIAMPy NLFEG VLPpW LGRLTN L DAIsLGgNNFDAG PIPTe LSNLTM L TvLDLTTCNLT G NIPAD IGHLGQ L SwLHLAM NQLTG PIPAS LGNLSS L AILlLkG NLLDG SLPST VDSMNS L TAVdVTENNLHGD LnFLSt VSNCRK L StLQMdL NYITG ILPDY VGNLSSqL KWFTLSn NKLTG TLPAT ISNLTA L EVIDLSH NQLRN AIPES IMTIEN L QWLDLSG NSLSG FIPSN TALLRN I VKLFLeS NEISG SIPKD MRNLTN L EHLLLSD NKLTS TIPPS LFHLDk I VrLDLSR NFLSG ALPVD VGYLKQ I TiMDLSd NHFSG RIPYS IGQLQM L THLNLSA NgFyD SVPDS FGNLTG L QTLDISH NSISG TIPNY LANFTT L VSLNLSF NKLHG QIPEG LxxLxx L xxLxLxx NxLxG xIPxx XA26-LRR （二） 分析蛋白质的二级结构 二级结构：主要是氢键维持的结构 ?－螺旋（?-helix） 弯（turn） ?－折叠（?-sheet） ? strand ? sheet 襻（loop） 1. 预测蛋白质的?－螺旋和?－折叠结构 ExPASy 主页选择 Secondary structure prediction 在“Secondary structure prediction”栏目选择“nnPredict”分析软件 在nnPredict主页选择分析结构种类、粘贴序列 分析结果 2. 预测蛋白质的其它二级结构 在“Secondary structure prediction”栏目选择“SOPMA”分析软件 在SOPMA主页选择分析结构种类、粘贴序列 ?－螺旋、?栅栏和其它二级结构，有图形显示的分析结果 3. 预测蛋白质的coiled coi