[工学]第二讲 化学结构绘图1.pptVIP

第二讲 化学结构绘制软件ACD/ChemSketch;一、ACD/ChemSketch基础;1.启动ACD/ChemSketch;2.设定可兼容的文件类型;3. ChemSketch的工作界面;结构模式; 结构模式功能栏(Structure toolbar) 原子功能键(Atoms toolbar) 参考功能键 (Reference toolbar) 工作区域(Workspace) 状态栏(Status bar;标题栏(Title bar) 菜单栏(Menu bar) 通用工具条(General toolbar) 编辑工具条(Editing toolbar) 画图工具条(Drawing toolbar) 工作区域(Workspace 调色板(Color Palette) 状态栏(Status bar);二、画简单的结构;1．使用常用画图工具;例2 （双键和三键）;注：（1）删除原子 点击Delete 键.使用Delete 键也可以将整个分子清除，先在空白处单击选中整个分子（或用套索工具选中） ，然后在分子上单击。点右键可取消删除状态。 （2）恢复键(Undo) 单击Undo键，Undo键可以连续点击50次.当画比较复杂的结构或者物体时, 要养成及时保存文件的习惯file/save.;;2．使用连续画图工具;拖动鼠标画图 在正常画图(Draw Normal)和连续画图(Draw Continuous)两种模式下，可以从一个原子拖动鼠标到另一个原子，画出单键。如果从一个空白处开始(或结束)拖动，将在开始处(或结束处)生成一个新的原子。在下面结构中，点击一端的碳原子，拖动鼠标到另一端的碳原子。 → 使用“清洁” (Clean)命令（2D 优化） 点击结构工具栏中“清洁” 命令 ，将使结构中所有的键长与角度平均化。 注意： Clean命令不仅使键长和角度平均化，令结构看上去更好看，且使该结构更符合化学意义。;3.使用立体键、配位键和非定义化学键工具;4．编辑原子标签;5．使用画链工具;6.翻转结构;7.选择、旋转和3D旋转;清理屏幕 可以通过以下操作来清理屏幕： 在文件菜单中选择“新文件”(New)，创建一个新的文件。 在左上方选择创建新页按钮(New Page) ，创建新的一页。 在编辑菜单中选择“全选”按钮(Select All)，使用键盘上的“删除”命令(Delete)。 在工具栏中(General toolbar)点击删除(Delete)按钮，点击空白处，再点击结构的任意部分，将其全部删除。 注意： 在结构模式(Structure model)中，这种方式只能删除化学结构。要删除图象，请转换到画图模式(Draw Model)。;1、如何用化学基团表画化学基团;三、画复杂的结构;2、如何迅速地画环结构;3、如何画原子的电荷、阳离子和阴离子;4、如何改变不同原子的性能;还有另外两个标签，Common 和Bond;四、超级结构和化学反应式;1.利用2D优化画环形的氨基酸; 4.如下图所示从NH2拖动鼠标至OH功能团。 5.点击清理键 ，并 或把羟基双键旋转为垂直，得到所需结构。 ;2.利用3D 优化;6. 如果Options/Preferences/Structure/ Switch to 3D Rotation mode 被选中, 3D优化后将自动转为3D 旋转状态。如果Switch to 3D Rotation mode 没有被选中,点击3D旋转键 后,将游标放置在结构式的任何原子或者化学键上,拖动鼠标旋转结构直到得到所需结构。 注意: 1.从Options / Preferences, 在Structure标签下，可以选择背景键断开或者连接,如果在Bonds Intersections中的 Enable被选中, 则背景键断开,否则,背景键连接。 2.改变交叉键的位置：选择要改变的键，Tools /Bring Bond to Front或Send Bond to Back . 也可以通过激活Change Position 键后,单击即将改变位置的化学键,同时按住SHIFT 键将后面的键移到前面来。;例13.创建三将军结构;例14 画如下结构;3.画化学反应式;