[生物学]华大转录组测序内部培训资料.pdf

动植物转录组 （Transcriptome ） 产品说明书 （内部资料，请勿外传） 科技服务体系 动植物研究方向 科技服务体系 动植物研究方向 版本信息： 版本编号 名称 完成日期 作者 v 1.0 动植物转录组（Transcriptome ）产品 2011-06-26 明瑶 说明书v1.0 v 1.1 动植物转录组（Transcriptome ）产品 2011-07-08 明瑶 说明书v1. 1 2011 年07 月08 日 目录 1 产品概述 1 1.1 什么是转录组测序1 1.2 转录组测序的产品功能1 1.3 转录组测序产品优势1 1.4 转录组测序产品发展史1 1.5 项目执行时间3 1.6 产品交付结果3 2 转录组测序研究方法 4 2.1 产品策略4 2.2 样品准备5 2.2.1 RNA 样品要求5 2.2.2 RNA 样品送样标准6 2.2.3 RNA 提取的组织用量建议6 2.3 样品运输要求7 2.3.1 样品包装7 2.3.2 样品标识8 2.3.3 样品运输条件8 2.4 文库的构建及测序9 2.4.1 实验流程9 2.4.2 测序及数据处理 10 2.5 转录组生物信息学分析 10 2.5.1 没有参考序列的转录组 De novo 10 2.5.2 有参考序列的转录组 Re-sequencing 18 2.5.3 参考文献 24 3 成功案例25 3.1 华大成功案例 25 3.2 相关文献解读 26 1 产品概述 1.1 什么是转录组测序？ 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有 RNA 的总和，包括mRNA 和非编码RNA 。转录组测序是指用新一代高通量测序 技术对物种或者组织的转录本进行测序并得到相关的转录本信息。 1.2 转录组测序的产品功能 1. 获得物种或者组织的转录本信息； 2. 得到转录本上基因的相关信息，如：基因结构，功能等； 3. 发现新的基因； 4. 基因结构优化； 5. 发现可变剪切； 6. 发现基因融合； 7. 基因表达差异分析。 1.3 转录组测序产品优势 覆盖度高：检测信号是数字信号，几乎覆盖所有转录本； 检测精度高：几十到数十万个拷贝精确计数； 分辨率高：可以检测到单碱基差异，基因家族中相似基因及可变剪切造成的 不同转录本的表达； 完成速度快：整个项目周期只需要50 个工作日时间； 成本低：基本上每个实验室可以承担相关研究经费。 1.4 转录组测序产品发展史 转录组的研究手段大体包括：EST 序列构建及研究，芯片研究，运用第二代 测序技术研究等。EST 是从一个随机选择的 cDNA 克隆进行 5’端和 3’端单一 次sanger 测序获得的短的cDNA 部