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基因组测序流程介绍 中科院计算所生物信息学研究组 华大－曙光生物信息学联合实验室 卜东波 2001/10/07 第一部分：基础知识 1。细胞的结构（真核和原核） 2。细胞核中的染色体 3。染色体＝DNA＋相关蛋白质 4。DNA的双螺旋结构 5。碱基互补：A/T C/G 6。DNA复制 7。什么是基因组？ 任何一条染色体上都带有许多基因，一条高等生物的染色体上可能带有成千上万个基因，一个细胞中的全部基因序列及其间隔序列统称为genomes（基因组）。 8。什么是基因？ DNA上具有特定功能的一个片断，负责一种特定性状的表达。一般来讲，一个基因只编码一个蛋白质。 12。什么是PCR? DNA体外扩增方法的一种，能够将很少的试样（比如只有罪犯的一滴血），扩增成完全相同的无数拷贝。 每PCR一轮，扩增两倍 1-2-4-8-16… 第二部分：测序流程 1。什么是测序？ 确定一条染色体片断上的碱基顺序。 Sanger法： 在PCR时加入荧光标记的复制终止剂，比如ddA,ddT,ddC,ddG（相应于4种碱基） ddX的两个作用： 可以当作正常碱基参与复制 一旦链入DNA中，其后就不能再继续连接 电泳 谁终止，碱基就是谁 此方法获1974年的Nobel奖 Sanger第一步：加入复制终止剂 荧光检测探头 电泳，看谁跑得快 Sanger第二步：荧光检测 Shotgun测序 DNA的提取和纯化 载体预备：和DNA片断结合，从而能够在细菌中扩增。 DNA片段的制备：将DNA用超声波切成能够测序的小片断 转化培养：小片断和载体结合，植入细菌中进行扩增。 提质粒：从细菌中提取出繁殖好的质粒 电泳检测：检测质量的好坏 测序：上测序仪测序 全自动的测序仪器：MegaBace DNA整体 切成小段 小段和载体结合 结合后进行测序 * *