PEAKSStudio结果查看说明-上海易算生物科技有限公司.PDF

上海易算生物科技有限公司 PEAKS Studio 结果查看说明 marketing@ 目录 1. PEAKS STUDIO 结果查看说明 2 2. PEAKS 输出结果 2 2.1 定性结果 2 2.1.1 HTML 报告 2 2.1.2 EXCEL 表详细信息 5 2.1.3 关键字说明 5 2.2 定量结果 6 2.2.1 HTML 报告 6 2.2.2 EXCEL 表详细信息 8 3. 扩展阅读 9 3.1 数据库打分 DATABASE SCORE 9 3.1.1 LDF 打分算法 9 3.1.2 P-VALUE 9 3.1.3 -10LOGP 10 3.2 假发现率 FDR 11 3.2.1 背景介绍 11 3.2.2 采用 TARGET-DECOY 方法评估 FDR 12 3.2.3 常见误用TARGET-DECOY 方法的情形 12 3.2.4 DECOY FUSION 策略 13 3.3 从头测序 DE NOVO SEQUENCING 介绍 14 3.4 自动DE NOVO SEQUENCING 15 3.5 DE NOVO 与数据库搜索协同 16 3.6 定量蛋白质组学 16 3.6.1 基本知识 16 3.6.2 验证 VS 发现 17 3.6.3 定量蛋白质组学的类型 17 3.6.4 PEAKS 中肽段特征峰面积计算 19 1 1. PEAKS Studio 结果查看说明 PEAKS Studio 是一款提供蛋白质组学研究全面解决方案的软件，用户可以使用 PEAKS 进行 De Novo 测序、蛋白质鉴 定(PEAKS DB)、多引擎蛋白质定性(PEAKS inChorus)、PEAKS PTM、序列同源性搜索 (SPIDER)以及标记和非标记定量。 请参考软件介绍页面：中文、英文。 我们的结果查看方式分两类，根据需求自行选择： 1. 基于 HTML 界面的网页查看，适合简单查看分析效果、蛋白列表等信息的用户； 2. 基于表格的详细信息查看，适合需要提交数据给杂志或自行分析其他内容的用户； 2. PEAKS 输出结果 PEAKS 输出结果（一般包含 ID 和 QUANT 分类，分别对应定性和定量结果）： 2.1 定性结果 2.1.1 HTML 报告 HTML 分为三部分：整体质控及参数信息；蛋白定性列表；各个蛋白详细定性列表； 整体质控分为以下内容 ：  假发现率 FDR Figure 1 概念： FDR 主要用于实验数据较为复杂时的质控，具体解释参考文末说明。理想的 FDR 曲线在接近 1%FDR 时平滑上升，且 number of peptides-spectrum matches 数值理想，表明该次鉴定结果可信且数量理想。对于小规模实验，如几个到几十 2 个蛋白的鉴定，该曲线不具备参考价值。 内容说明： 横坐标为实验中谱图匹配上肽段（PSM ）信息的数量