CN107301329-CN201610237920-一种微生物识别方法及系统.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 107301329 A (43)申请公布日 2017.10.27 (21)申请号 201610237920.4 (22)申请日 2016.04.15 (71)申请人 泽塔生物科技（上海）有限公司 地址 201203 上海市浦东新区芳春路400号 1幢301-323室 (72)发明人 王俊宁　 (74)专利代理机构 上海骁象知识产权代理有限 公司 31315 代理人 赵俊寅 (51)Int.Cl. G06F 19/22(2011.01) G06F 19/24(2011.01) G06F 19/28(2011.01) 权利要求书1页 说明书3页 附图1页 (54)发明名称 一种微生物识别方法及系统 (57)摘要 本发明 提 供 了 一 种微 生 物 识 别方 法 (Microbe Identification)，输入待检测微生物 的全基因组序列；计算上述全基因组序列的特征 向量，将上述特征向量与数据库中预存的特征向 量进行距离计算和排序定位，搜索并收敛至记录 数少于等于预设数量为止；对上述搜索得到的一 组记录，同输入序列进行平均核酸匹配度指标和 序列比对长度比例的计算，用于判断该待测微生 物的属种。本发明还提供了一种微生物识别系 统，包括输入装置、计算装置、比较装置、输出装 置和数据库。本发明本发明提供数据库系统以保 存参考基因组记录，管理方便。特征计算可仅在 A 记录插入时进行一次，无需每次查询时进行反复 9 计算，提高了查询效率并降低了查询时的计算开 2 3 1 销。本识别方法效率高，计算开销小，运行周期 0 3 7 短，并可以得到确定的微生物属种识别依据。 0 1 N C CN 107301329 A 权　利　要　求　书 1/1页 1.一种微生物识别方法，其特征在于，包括以下步骤： 步骤一，输入待检测微生物的全基因组序列； 步骤二，计算上述全基因序列的特征向量，将上述特征向量与数据库中预存的特征向 量进行距离计算和排序定位，搜索并收敛至记录数少于等于预设数量为止； 步骤三，对搜索得到的一组同输入序列距离最近的记录，进行平均核酸匹配度指标 ANI/isDDH和序列比对长度比例的计算，用于判断该待测微生物的属种或亚种。 2.如权利要求1所述的一种微生物识别方法，其特征在于，所述步骤二中的序列特征为 基因组DNA的k-mer频数。 3.如权利要求2所述的一种微生物识别方法，其特征在于，所述步骤二中的距离为空间 距离。 4.如权利要求3所述的一种微生物识别方法，其特征在于，所述步骤二还包括以下步 骤： 根据输入特征向量同预存特征向量计算距离迭代缩小搜索，收敛至距离最小的若干记 录； 搜索过程中使用不同的k值同预存或实时计算的向量进行距离计算；k-mer频数根据需 要进行均一化处理。 5.一种微生物识别系统，其特征在于，包括输入装置、计算装置、比较装置、输出装置和 数据库，所述输入装置用于录入数据，所述计算装置用于计算数值、搜索和排序定位，所述 比较装置用于比较计算值与预设值之间的大小关系，所述输出装置用于输出结果，所述数 据库用于存储数据。 6.如权利要求5所述的一种微生物识别系统，其特征在于，所述数据库设有基因组序列 子数据库。 7.如权利要求5所述的一种微生物识别系统，其特征在于，所述数据库设有基因组序列 衍生结构注释和功能注释信息子数据库。 8.如权利要求5所述的一种微生物识