统计遗伝学StatisticalGenetics.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 理想的な場合When ideal Nmarker-1,000 A project tests 1000 independent markers. Repeat-10,000 The project is repeated 10000 times. Ps-matrix(runif(Nmarker*Repeat),nrow=Repeat) Plot(sort(Ps)) minP-apply(Ps,1,min) Minimum P values for each repeat. Plot(sort(minP)), mean(minP)～1/Nmarker quantile(minp,0.01) The smallest 1% of minp: nominal p value should be this low to consider “p=0.01” in multiple testing setting. 1-(1-0.01)^(1/Nmarker) 理論的に計算できる　You can calculate this value. 分布　Distribution A. 仮説?モデルが与える理想的統計分布 A. Ideal statistical distribution given by hypothesis/model B. 滑らかだが理想的でない分布 B. Smooth but non-idealistic distribution C. 滑らかでない分布?外れ値のある分布 C. Non-smooth distribution, outliers B. 滑らかだが理想的でない分布 B. Smooth but non-idealistic distribution 滑らかだが理想的でない分布を理想的な分布に変換することができれば、理想的な分布に基づく統計学手法を使えるようになる If you can transform your “smooth but non-idealistic” distribution into “the ideal statistical distribution”, then statistical tests can help you. 理想的でない場合When not idealデータを利用するUse your data EXCEL RAND() Uniform distribution CHIINV(x,1) Calculate chi^2 value from p value Lambda =2 Inflated chi^2 value = chi^2 * Lambda P=CHIDIST(Inflated chi^2,1) Ps are smaller than should be Genomic control method 得られた多数のp値からLambdaを推定して補正する Estimate “Lambda” from obtained many p-values and correct them. GC法はすべてのテストを均一に補正する GC-method corrects all tests evenly. 構造化　多軸のシミュレーション Haploviewの使い方 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * N!通りNo. sequence patterns : N! サンプルがすべて同質であるとき、すべてのサンプルの並びは等しい確率で起こりうる。したがって、各パターンに合致する並びの数が、そのパターンの起こる確率に比例する When no difference among the samples, every sequence is equally likely to occur. Therefore The number of sequences corresponding to the patterns is proportional to the probability. N!通りのテーブルにある規則で値を与えるGive a value to N! patterns based on a rule. 規則の例　Samples of Rule ケースとコントロールのアレル頻度の差 D