第一章-生物信息学引论.pptVIP

课程简介 课程形式 课程目标 参考教材与文献 成绩构成 课程网站 课程形式 36学时，理论26学时，实践10学时 讲授概念与知识点 上机联网操作 自学与讨论 课程目标 掌握生物信息学基本知识与概念 了解生物信息学网上资源 掌握核酸及蛋白质的分析方法 介绍全基因组表达的分析方法 生物学研究中具体问题的解决 参考教材与文献 《生物信息学》肖浪涛 中国农业出版社 《生物信息学札记》（第三版）樊龙江 浙江大学 《生物信息学》陶士珩 科学出版社 《生物信息学》 周艳红 王石平 高等教育出版社 《DNA和蛋白质序列数据分析工具》薛庆中 科学出版社 《生物信息学分析实践》吴祖建 科学出版社 《简明生物信息学》 钟扬 高等教育出版社 《生物信息学基础》 孙啸 清华大学出版社 《生物信息学手册》郝柏林 上海科学技术出版社 《生物信息学与功能基因组学》孙之荣译 化学工业出版社 《生物信息学》第二版 王明怡译 科学出版社 Bioinformatics for dummies（2nd edition） 成绩构成 随堂测验 20% 上机操作 20% 作业 20% 期末闭卷考试 40% 课程网站 新疆农业大学网络教学平台 新疆农业大学主页——管理机构——教务处——网络教学平台 7 课程要求 本讲内容 第一章 生物信息学引论 1.1 引言 1.2 生物信息学的产生与发展 1.3 人类基因组计划和基因组信息学 1.4 生物信息学的主要研究内容 1.5 生物信息学的基本方法与技术 1.6 生物信息学的应用及展望 1.1 引言 生物数据激增 为什么这么快 已完成测序的基因组(EBI) 蛋白数据增长(PDB) 生物信息学的概念 生物信息学的概念（广义） 生物信息学的概念（狭义） 生物信息学的概念 生物分子信息 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 生物分子信息 生物分子至少携带着三种信息 遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息 生物分子信息 生物分子信息 生物分子信息 特征： 生物分子信息数据量大 生物分子信息复杂 生物分子信息之间存在着密切的联系 生物信息学的目标和任务 收集和管理生物分子数据 数据分析和挖掘 开发分析工具和实用软件 生物分子序列比较工具 基因识别工具 生物分子结构预测工具 基因表达数据分析工具 生物信息学的研究意义 认识生物本质 了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系。 改变生物学的研究方式 改变传统研究方式，引进现代信息学方法 具有重要的应用价值 为疾病的诊断和治疗提供依据 为设计新药提供依据 1.2 生物信息学的产生与发展 生物信息学的发展历史 生物信息学的发展历史 前基因组时代 20世纪50、60年代，生物信息学开始孕育 1956年在美国召开过首次“ 生物学中的信息理论” 讨论会 60年代美国建立了手工搜集数据的蛋白质数据库 1962年Zuckerkandl基于序列变异分析的分子演化研究 1964年Davies开 创了蛋白质结构预测的研究 20世纪70年代，生物信息学的真正开端，70年代到80年代初期 ，出现了一系列著名的序列比较方法和生物信息分析方法 1970年Needleman等发表了广受重视的两序列比较算法 1974年Ratner首 先对分子遗传调控系统进行处理分析 1975年Pipas等 首先提出用计算机技术预测RNA二级结构 生物信息学的发展历史 基因组时代 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机构和生物信息数据库 1979年美国洛斯阿拉莫斯国家实验室建立GenBank 1980年Science发表了关于计算分子生物学的综述 1982年欧洲分子生物学实验室提供EMBL服务 1984年日本着手建立国家级核酸序列数据库DDBJ 美国于1988年成立国家生物技术信息中心（NCBI） 欧洲于1993年着手建立欧洲生物信息学研究所（EBI） 日本于1995年组建了自己的信息生物学中心（CIB） 生物信息学的发展历史 基因组时代 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展 生物信息学的发展历史 后基因组时代 21世纪，后基因组时代到来。生物信息学研究重点转向功能基因组、系统生物学研究。 HGP (1990-2003) 1995,蛋白质组学(Proteomics) 高通量(high-throughput)实验手段 生物信息学的发展历史 后基因组时代 结构基因组学(Strutural genomics, 2001) 比较基因组学(comparative genomics) 功能基因组学(Functional gen