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基因调控网络的研究内容及其数据分析方法 　　摘要：基因调控网络以系统的观点从基因之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象，是功能基因组学研究的重要内容，本文着重研究基因调控网络的研究内容、数据分析研究方法。 　　关键词：基因调控网络；自组织图聚类；机器学习 　　中图分类号：TP274文献标识码：A文章编号：1009-3044(2008)15-20ppp- 　　The Research Content And Data Analysis Methods On the Gene Regulatory Networks 　　GUO Zhi-long1,2,JI Zhao-hua1,3,TU Hua-wei1,LIANG Yan-chun1 　　(1.College of Computer Science and Technology,Jilin University,Changchun 130012,China;2.Dalian Huaxin Software Corporation,DaLian 116000,China; 3.Inner Mongolia Xingan Vocational and Technical College,Wulanhaote 137400,China) 　　Abstract:Gene regulatory networks,which reveals the complex phenomena of life from the view of the complex interactions of genes,is very important to understand the functional genomics for researchers.The article focuses on the research content and data analysis methods about gene regulatory networks. 　　Key words:gene regulatory networks;Self-organizing Map;machine learning 　　 　　基因调控网络是计算机科学、数学、信息学向分子生物学渗透形成的交叉点，是运用生物信息学的方法和技术通过数据采集、分析、建模、模拟和推断等手段研究复杂的基因网络关系。作为一种系统的、定量的研究方法建立在包括分子生物学，非线性数学和程序算法设计等知识等基础上，运用生物信息学的方法和技术通过数据采集、分析、建模、模拟和推断等手段，整合已有的实验数据和知识，构建生物基因调控网络，从整体的层次，了解细胞的功能；从整体的角度，阐述基因参与的生物调控过程，在全基因组水平上以系统的、全局的观点研究生命现象及其本质，是后基因组时代研究的重要内容。 　　 　　1 基因调控网络概念 　　 　　基因调控网络本质上是一个连续而复杂的动态系统，即复杂的动力系统网络。 　　1.1 基因调控网络的定义 　　生物体任何细胞的遗传信息、基因都是同样的，但同一个基因在不同组织、不同细胞中的表现并不一样。一个基因的表达既影响其它的基因，又受其它基因的影响，基因之间相互促进、相互抑制，在特定的细胞内和时间下综合环境等因素这样的大环境中呈现活化状态，构成一个复杂的基因调控网络。 　　1.2 基因调控网络的特性: 　　基因调控网络是连续的多层次动力系统模型，具有稳定姓、层次性、复杂性、动态性等。 　　1.2.1 复杂性 　　生物具有大量的基因，诸多基因组成各个模块，不同的基因网络模块可以在不同层次上发生相互作用，同一个基因可能参与各种不同的分子机理，使得基因网络有着高度的复杂性。 　　1.2.2 层次性 　　基因调控网络具有一定层次结构，按照调控元件、motif、模块和整个网络的四层结构，将各个节点有规律的来接在一起。调控元件分为顺式(cis-)和反式(trans-)两种类型, 分别表示受调控基因的结合位点DNA 序列和结合在该序列上对基因起激活或者抑制作用的转录因子。Motif 和模块都是由基因集合构成的调控模式, 是分析网络局部特征和网络构成以及研究调控机理的重要结构。 　　1.2.3 动态性 　　生物过程是动态的，用来理解生物过程意义的基因调控网络自然就动态存在。基因调控网络是随着生物过程的动态发生而具有动态的特性，不同条件、不同时间的基因调控网络是不同的。 　　1.2.4 稳定性 　　基因调控网络的稳定性体现在生物体缓解突变的影响方面，功能上无关基因之间的相互作用可以抵抗系统突变；一个基因在突变中丧失的功能，有另外一个或更多具有相似功能的基因所补偿，以减弱该突变对表型造成的影响，保持生物进