(精选)【医学课件大全】1型糖尿病候选基因的筛选 (41p)教学课件.pptVIP

1型糖尿病候选基因的筛选 盛德乔 2008.3.13 1型糖尿病 1型糖尿病 type 1 diabetes (T1D) 胰岛素依赖型糖尿病 自身免疫性疾病：T细胞介导的胰岛b细胞破坏 美国：有超过15万18岁以下的T1D患者，患病率高达(1.7~2.5/1000)，年发病率为(15~17)/10万，每年新诊断病例1.0～1.5万 。 Insulin-dependent-diabetes Insulin pump 候选基因筛选 复杂的多基因参与－遗传因素和环境因素 已发现与T1D有关的基因座 MHC 基因座 Insulin-dependent-diabetes （Idd）基因座 Microassay 高通量 动物模型 NOD 小鼠(nonobese diabetic，NOD) H-2g7 Haplotype 小鼠染色体上的Idd 基因座 /page/ 动物模型 NOD小鼠 NOD/LtJ (NOD) NOD.B10小鼠 对照 NOD.B10Sn-H2b/J (NOD.B10) MHC来自C57BL/10 (B10) 不患糖尿病 /congenic.html NOD小鼠的病理进程 4～5周龄时出现胰岛炎 12周龄出现明显糖尿病症状 30周龄时80％雌性小鼠－－糖尿病 实验设计 分组：六组 10天组 (GROUP A) 4 周组 (GROUP B) 8 周组 (GROUP C) 12周组 (GROUP D) 16周组 (GROUP E) 20周组 (GROUP F) 基因表达分析 取三个不同组织，快速处理做基因表达的mRNA分析，同时测非空腹血糖。 胰淋巴结 (PLN) 脾 (SPL) 外周血细胞 (PBC) 基因表达分析（PLN, SPL, PBC）用41K 小鼠全基因组寡核苷酸芯片 (Agilent公司) 分离纯化RNA,分析纯度 cRNA扩增及荧光标记 Agilent 41K whole mouse genome (60-mer) oligo microarray slide. Hybridization Feature Extraction Agilent Two-Color Microarray-Based Gene Expression Analysis protocol 数据分析 Log Ratio NOD/NOD.B10 SystematicName GeneName ProbeName chr_coord 10 days 4 wks 8 wks 12 wks 16 wks 20 wks NM_016874 Deaf1 A_52_P456977 -0.026 -0.323 0.0582 0.0408 0.0175 0.1024 AK080564 Deaf1 A_52_P545575 0.1248 0.0308 0.0557 0.0684 0.049 0.2301 NM_016874 Deaf1 A_51_P275658 -0.681 0.4296 -0.109 -1.329 -1.086 5E-05 SI Figure 14: Gene expression profile of three Deaf-1 oligo-probes. 不同时间点表达发生变化的基因数 早期 晚期 Figure 1: Pancreatic lymph nodes (PLN), spleen (SPL) and peripheral blood cells (PBC) from female NOD mice at 10 days, 4 weeks, 8 weeks, 12 weeks, 16 weeks, or 20 weeks of age were processed for microarray mRNA analysis of gene expression. Diagrams indicates the numbers of milestone genes in PLN, SPL and PBC in each group (time point) according to SI Table 2. Non-fasting serum glucose of the mice used for data analysis (Data are expressed as Mean ± SD). Figure 2: Venn diagram showing numbers of significantly dysregulated genes shared by the three tissues (PLN, SPL and PBC) from 10 days to 4 weeks (