第十章节_基因组学蛋白质组学和生物信息学幻灯片.pptVIP

* * * * * * * 亚太地区蚕桑培训中心 蚕桑生物技术及昆虫分子生物学实验室 1、概述 生物信息学（Bioinformatics）是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，进而达到揭示这些数据所蕴含的生物学意义的目的。 两个推动力：HGP、生物医药工业 * 生物信息学的发展历程 生物信息学自诞生以来，经历了三个阶段： 基因组前期的生物信息学：主要是序列分析、数据库的查询、计算机操作和PC的应用； 基因组年代的生物信息学：主要是基因的寻找、数据与数据之间的比较、网络相互界面（Interface）； 后基因组年代的生物信息学：主要是数据的挖掘、表达、数据多样性的分析、相互交叉数据分布的总结与分析。其研究的内容不仅包括基因的查寻和同源性分析；而且进一步到基因和基因组的功能分析，即所谓的功能基因组学研究。 * 国外发展现状 欧美各国及日本相继成立了生物信息中心，如美国的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Informatics，NCBI）、欧洲生物信息学研究所 (European Bioinformatic Institute，EBI)、日本信息生物学中心（Center for Information Biology，CIB）等。NCBI、EBI和CIB相互合作，共同维护着GenBank、EMBL、DDBJ三大基因序列数据库。它们每天通过计算机网络互相交换数据，使得三个数据库能同时获得最新数据。此外，他们每年召开两个年会讨论合作事宜。 * 国内的一些科研单位 清华大学在基因调控及基因功能分析、蛋白质二级结构预测方面、天津大学物理系和中科院理论物理所在相关算法方面、中科院生物物理所在基因组大规模测序数据的组装和标识方面、北京大学化学学院物理化学研究所在蛋白质分子设计方面、华大基因组研究中心（中科院遗传所人类基因组研究中心）在大规模测序数据处理自动化流程体系及数据库系统建立方面均已展开相关研究。北京大学已建立了EMBL中国镜像数据库，将该数据库移植到中国本地，并提供部分的检索服务http：//www.I/mirror/mirror.html；http：//www.E）；复旦大学遗传学研究所为克隆新基因而建立的一整套生物信息系统也已初具规模；中科院上海生化所、生物物理所等单位在结构生物学和基因预测研究方面也有相当的基础。 * * 二、 研究内容 生物信息的收集、存储和管理 基因组序列信息的提取和分析 序列的注释和比对：两个序列的比对：BLAST和FASTA；多序列比对：ClustW 序列的拼接 基因区域的预测：外元、启动子、拼接位点 基因的电子克隆；拼接EST序列 非编码区分析和DNA语言的研究 分子进化和比较基因组学 功能基因组的相关信息分析 生物大分子结构模拟和药物设计 生物信息分析的技术和方法 * 一级序列数据库：来自序列测定 核酸：Genbank、EMBL、DDBJ 蛋白质：SWWIS－PROT、PIR 生物大分子三维空间结构数据库：X晶体衍射和核磁共振 、 PDB、MMDB 基因组数据库：来自基因组作图 二级数据库：对一级数据库分析、整理、归纳、注释、构建具有特殊生物学意义和专门用途的数据库 * 三、生物信息学数据库 二级数据库 核酸：免疫遗传学数据库IMGT、转录因子数据库TransFac、真核启动子数据库EPD、单核苷酸多态性数据库dbSNP、克隆载体数据库Vector、密码子使用数据库CUTG、人鼠特有基因集UniGene 蛋白质：蛋白质功能位点数据库Prosite、蛋白质功能位点序列片段数据库Prints、同源蛋白家族数据库Pfam和同源蛋白结构域数据库Blocks、免疫球蛋白数据库Kabat、酶类数据库ENZYME、蛋白激酶数据库PKinase、相互作用蛋白质数据库DIP、可别剪接数据库ASDB等 * 核酸一级序列数据库 ?Genbank:美国国家健康研究院(National Institurte of Health，简称NIH) 也于80年代初委托洛斯阿拉莫斯(Los Alamos)国家实验室建立GenBank，后移交给国家生物技术信息中心NCBI，隶属于NIH下设的国家医学图书馆(National Liabraty of Medicine，简称NLM)。（）。 ?EMBL:由欧洲分子生物学实验室(European Molecular Biology Laboratory)于1982年创建的，其名称也由此而来，目前由欧洲生物信息学研究所负责管理(EBI)(http://www.ebi.ac.uk/