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Qiang Miao, Dept. of Chem. Chem. Eng., Nanjing Univ. Lecture 1, Slides 蛋白组学: 蛋白质二级结构与序列 后基因组研究中面临的最重要的挑战之一 蛋白质二级结构与序列 从基因组学到系统生物学 蛋白质结构与功能 氨基酸与肽键结构 Chou-Fasman构象因子 蛋白质二级结构中的氨基酸邻位效应 二肽序列分布与意义 六肽问题 水溶液中的氨基酸与蛋白质 从基因组学到系统生物学 From Omics to Knowmics Genomics基因组学 Proteomics蛋白组学 Metaboimcs代谢组学 Systems Biology 系统生物学 蛋白组学的基本问题 几乎所有的生命活动都靠蛋白质完成。 蛋白质的功能与它的结构密切相关。 如何由基因序列预测它们的结构。 蛋白质的种类与分布 蛋白质的结构与功能 序列问题 Protein Structure and Function 蛋白质由氨基酸脱水缩合形成的多肽链组成。 DNA中的基因控制合成蛋白质，基因里所包含的信息，决定了蛋白质里的氨基酸的种类及其排列顺序。 人类大部分蛋白质的结构究竟是什么样、执行什么样的功能。 知道组成蛋白质的氨基酸序列仅仅是一个开始。 蛋白质分子的多肽链折叠成一个紧凑的三维结构。 用X-ray解晶体结果和NMR技术确定这种三维结构中每一个原子的位置。 计算机模拟多肽链的折叠、了解氨基酸之间相互作用，预测蛋白质的结构。 对于具有数百或数千个氨基酸的蛋白质，目前的计算机和计算方法难以胜任。 The Chemicals of Life The Chemicals of Life Macromolecules (23%) The making or breaking of covalent bonds involves large energy changes In comparison, thermal energy at 25oC is 1 kcal/mol Covalent bonds have characteristic geometries Covalent double bonds cause all atoms to lie in the same plane A water molecule has a net dipole moment caused by unequal sharing of electrons Asymmetric carbon atoms are present in most biological molecules Stereoisomers of the amino acid alanine Noncovalent bonds Several types: hydrogen bonds, ionic bonds, van der Waals interactions, hydrophobic bonds Noncovalent bonds require less energy to break than covalent bonds Noncovalent bonds are required for maintaining the three-dimensional structure of many macromolecules and for stabilizing specific associations between macromolecules The hydrogen bond underlies water’s chemical and biological properties Hydrogen bonds within proteins Ions in aqueous solutions are surrounded by water molecules Ionic bonds Hydrophilic amino acids Hydrophobic and “special” amino acids Peptide bonds connect amino acids into linear chains Four levels of structure determine the shape of proteins Primary: the linear sequence of amino acids Secondary: the localized organization of parts of a polypeptide chain (e.g., the ? helix or ? sheet) Tertiary