[医药卫生]植物磷转运蛋白序列分析.docVIP

植物磷转运蛋白基因的挖掘及其序列分析 摘 要 本研究通过对已经发表的磷转运蛋白基因进行挖掘，筛选其中具有代表性的基因进行序列分析，探索植物磷转运蛋白基因之间的同源关系及其他生物信息学方面的信息： 1. 双子叶植物中磷转运蛋白的GC含量一般小于单子叶植物的GC含量，但属于Pht2家族的MEScr的 GC含量和双子叶植物相近;各磷转运蛋白基因的mRNA长度差别较小，范围在1500bp~2200bp；植物磷转运蛋白基因中由核染色体编码的蛋白质序列大都在500~600(aa)之间，由线粒体染色体基因OsMPT编码的蛋白质氨基酸长度较短，为368个氨基酸。Pht1和Pht2家族基因编码的蛋白质分子量相近。 2. 本实验验证了已报道的保守序列GGDYPLSATIMSE在Pht1蛋白家族中的存在，而OsMPT蛋白序列与该保守序列相似性非常低，表明OsMPT不属于Pht1蛋白家族；MEScr氮端亲水氨基酸含量较高，TaPT3氮端亲水氨基酸含量优势不明显，表明Pht2蛋白家族成员并非都具备N-端长的特殊亲水基团。OsMPT氮端的亲水性非常明显,推测可能和Pht2蛋白家族关系密切。 3. 植物磷转运蛋白的氨基酸组成有非常明显的一致性，Ala含量最高，一般在10%以上，Phe、Gly和Leu含量接近，次于Ala含量，再次是Ile、Ser、Thr、Val，其它的氨基酸含量一般低于5%。但也有特殊性，Pht2蛋白及OsMPT的Phe含量显著小于Pht1的Phe含量，推测高Phe含量与Pht1蛋白家族对磷的高亲和性相关。从氨基酸组成上看，OsMPT和Pht2蛋白家族关系更密切。 4. 植物磷转运蛋白基因编码蛋白质的密码子偏好在基因间和物种间均有差异，但也有一致性。密码子的第一位，同种碱基在Pht1和Pht2/OsMPT基因中出现的频率具有一致性，G的频率最大，其次是A。密码子的第二位，Pht1家族中同种碱基出现频率具有一致性， Pht2和OsMPT基因的同种碱基出现频率也具有一致性，但和Pht1不具有一致性，除C的频率显著大于Pht1中C的频率外，其它三种碱基一般低于Pht1中同种碱基出现的频率。密码子的第三位，在不同Pht1基因中差别很大，在不同Pht2/OsMPT基因中，同种碱基出现频率也不具有一致性。 关键词：ABSTRACT This research has collected the released phosphate transporter genes in plant, and selected some typical ones to explore the homology and other bio-information among them. Generally, the GC content of dicotyledonous plant is less than that of monocotyledons, but the MEScr of Pht2 family has the similar GC content with the latter; the mRNA length varies among all phosphate transporter genes, ranging 1500bp~2200bp; except the protein encoded by mitochondrial gene OsMPT, others have similar amino acid residue length, varying from 500 to 600; Pht1 and Pht2 family have similar MWS. This study reconfirmed the conserved sequence (GGDYPLSATIMSE) reported among Pht1 family and suggested OsMPT do not belong to Pht1 family; MEScr has a long N-terminal hydrophilic residues, while TaPT3 do not, suggesting not all Pht2 family members have this particular hydrophilic groups; OsMPT has a high N-terminal hydrophilic residue content, implying that it has a close relationship with Pht2 family. The amino acid composition among these g