蛋白结构数据库幻灯片.ppt

(7)蛋白质分子三维结构的选择性显示：RasMol主菜单中的“Display”和“Colours”命令主要用于分子的正常显示，在主菜单上还有一个“Options”选项命令，可以进行一些非正常的显示。 (8)蛋白质分子三维结构的旋转显示： ①鼠标点击窗口右方与下方的滚卷条，将以X轴或Y轴旋转。 ②将鼠标移至主屏幕区，按住鼠标左键，移动鼠标，就可以任意旋转此分子。按住Shift键，同时按住鼠标的右键，移动鼠标，即可实现以Z轴旋转。 ③通过命令行方式。 (9)蛋白质三维立体结构图像的输出 4.3.2 MMDB数据库 1.简介 分子模型数据库MMDB (Molecular Modeling Database)是一个关于三维生物分子结构的数据库，是美国生物技术信息中心(NCBI)所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分。 MMDB是来源于PDB三维结构的一部分，MMDB重新组织和验证了这些信息，从而保证在化学和大分子三维结构之间的交叉参考。 2.查询 (1)登陆网站/Structure/MMDB/mmdb.shtml (2)在文本框中输入“1ggz”(或者右下角的PDB/MMDB Code文本框中 )，单击Go按钮，显示查询结果。 家族构成 3D大分子结构 保守区域 数据库 3.三维结构显示程序 Cn3D Cn3D是MMDB一个配套的三维结构显示程序，它具有可靠的显示三维数据库结构的能力。图像以动画形式显示，用户可以旋转或缩放结构，也可以用条带图、空间结构图、热能分布图等方式来显示，掌握分子结构的不同功能 (1)在刚才的查询结果页,单击左侧结构图下方的View options，展开选项。 (2)Tasks选择Save File，Program选择Cn3D，Drawing选择Backbone。 (3)在结构图上单击，下载文件3 。 (4)下载并安装Cn3D软件。 (5)开始→程序→NCBI→Cn3D→Cn3D4.1 注：MMDB采用ASN.1的记录格式，而非PDB格式。 4.3.3 SCOP数据库 1.简介 蛋白质结构分类数据库SCOP (Structural Classification of Proteins)的目标是提供关于已知结构蛋白质之间的结构和进化关系的信息，所涉及的蛋白质包括结构数据库PDB中的所有条目。 SCOP数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息外，对于每一个蛋白质还包括下述信息：到PDB的链接，序列，参考文献，结构的图像等。 SCOP的结构分类主要是通过人工来完成的，通过图形显示器观察和比较蛋白质结构，并借助于一些软件工具进行分析。 2.分类的层次结构 (1)家族：具有明显进化关系的蛋白质聚集到一个家族中，意味着两个蛋白质之间的等同氨基酸残基数超过30%。然而，在某些情况下，虽然两个蛋白质序列不相似，但它们具有相似的结构和相似的功能，表明属于同一个家族。 (2)超家族：超家族中的成员具有远源进化关系，具有共同的进化源。 (3)折叠：无论有无共同的进化起源，只要具有相同排列和拓扑结构的主要二级结构，即将蛋白质分类为具有相同的折叠。 3. SCOP查询 (1)网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ (2)单击 top of the hierarchy SCOP首先从总体上将蛋白质进行分类，例如全?型，全?型，以平行折叠为主的?/?型，以反平行折叠为主的?+?型 等。 例如：SCOP1.73版本有46456个全?型蛋白质，该结构类型下有258个折叠类。在这258个折叠类中的第一个超家族是类球蛋白；类球蛋白又包含4个家族，其中第一个家族包含6个结构域；每个结构域下面有很多蛋白质成员。 也可以直接利用查找工具，查找特定的蛋白质1GGZ。 4.3.4 DSSP数据库 1.简介 蛋白质二级结构数据库DSSP (Database of Secondary Structure of Protein)是一个二级结构推导数据库。对生物大分子数据库PDB中的任何一个蛋白质，根据其三维结构推导出对应的二级结构。 2.分类 结构描述 分类 α-helix H 310helix G π-helix I β-strand E β-bridge B or b Coil C, L or space Turn T Bend S 3. DSSP查询 (1)网址：http://www.sander.embl-heidelberg.de/dssp/ (2)DSSP的输出文件 1adz.dss