2015储明星-绵羊高繁殖力主效基因的研究与应用.ppt

绵羊基因组重测序 对小尾寒羊、湖羊、滩羊、草原型青海藏羊、欧拉羊、乌珠穆沁羊、澳洲美利奴、草原型藏羊、河谷型藏羊、策勒黑羊、巴音布鲁克11个绵羊品种共110样品进行重测序，每个品种各5公5母，平均每个样本13G数据，测序深度为5×。目前已经完成所有样品的重测序，基本完成序列拼接和评价，所有样品基因组匹配率达到90%以上，测序深度达到6×以上，重测序数据均合格。下一步将对所有数据进行主成分分析和系统进化分析，寻找有经济价值的功能基因。 （2）对于BMP15基因，4个绵羊品种都不携带上述6个已知突变；发现4个绵羊品种都有1个新突变S1（T755C），该突变导致亮氨酸变为脯氨酸；在S1座位，洼地绵羊与其他3个绵羊品种之间基因型分布差异显著（P0.05），其他绵羊品种之间基因型分布差异均不显著（P0.05）；在S1座位，洼地绵羊与其他3个绵羊品种之间等位基因分布差异极显著（P0.001），其他绵羊品种之间等位基因分布差异均不显著（P0.05）。 （3）对于GDF9基因，4个绵羊品种均不携带FecGH(G8)、FecGE和FecTT突变；4个绵羊品种均携带3个已知突变G1、G3（G477A）和G4（G721A）以及1个未引起氨基酸变化的新突变S2（A1515G）；在G1和G4座位，高繁殖力绵羊品种与低繁殖力绵羊品种之间基因型和等位基因分布差异都极显著（P0.01）；在G3座位，高繁殖力绵羊品种与低繁殖力绵羊品种之间基因型和等位基因分布差异都不显著（P0.05）； 在S2座位，高繁殖力绵羊品种与低繁殖力绵羊品种之间基因型和等位基因分布都基本无差异（P0.05）；H4(GGAA)为高繁殖力绵羊品种的优势单倍型，H1(GGGG)为低繁殖力绵羊品种的优势单倍型。本研究结果初步表明BMPR-IB和GDF9基因可能是影响中国绵羊品种高繁殖力的主效基因。 表1 4个绵羊品种3个高繁殖力基因的等位基因频率和基因型频率 基因 座位 品种 湖羊 小尾寒羊 洼地绵羊 滩羊 样本数 43 45 40 41 基因型 频率 TT 0.70(30) 0.75(34) 0.45(18) 0.75(31) TC 0.14(6) 0.16(7) 0.10(4) 0.15(6) BMP15 T755C CC 0.16(7) 0.09(4) 0.45(18) 0.10(4) (S1) 等位基 因频率 T 0.77 0.83 0.50 0.83 C 0.23 0.17 0.50 0.17 样本数 43 45 40 41 基因型 频率 ++ 0(0) 0.07(3) 0.22(9) 0.90(37) B+ 0.19(8) 0.33(15) 0.38(15) 0.05(2) BMPR-IB A746G BB 0.81(35) 0.60(27) 0.40(16) 0.05(2) (FecB) 等位基 因频率 + 0.09 0.23 0.41 0.93 B 0.91 0.77 0.59 0.07 基因 座位 品种 湖羊 小尾寒羊 洼地绵羊 滩羊 样本数 43 45 40 41 基因型 频率 GG 0.91(39) 0.91(41) 0.90(36) 0.58(24) GA 0.02(1) 0.09(4) 0.10(4) 0.37(15) G260A AA 0.07(3) 0 (0) 0(0) 0.05(2) (G1) 等位基 因频率 G 0.92 0.96 0.95 0.77 GDF9 A 0.08 0.04 0.05 0.23 ? 样本数 43 45 40 41 基因型 频率 GG 0.44(19) 0.52(23) 0.45(18) 0.32(13) GA 0.33(14) 0.24(11) 0.43(17) 0.49(20) G477A AA 0.23(10) 0.24(11) 0.12(5) 0.19(8) (G3) 等位基 因频率 G 0.60 0.63 0.66 0.56 A 0.40 0.37 0.34 0.44 表1 4个绵羊品种3个高繁殖力基因的等位基因频率和基因型频率 基因 座位 品种 湖羊 小尾寒羊 洼地绵羊 滩羊 ? 样本数 43 45 40 41 基因型 频率 GG 0.93(40) 0.84(38) 0.92(37) 0.56(23) GA 0.07(3) 0.16(7) 0.08(3) 0.22(9) G721A AA 0 (0) 0 (0) 0(0) 0.22(9) (G4) 等位基 因频率 G 0.97 0.92 0.96 0.67 GDF9 A 0.03 0.08 0.04 0.33 ? 样本数 43 45 40 41 基因型 频率 AA 0.86(37) 0.80(36) 0.80(32) 0.66(27