外源基因高效表达数学模型构建北京基础医学研究所计算生物学中心.ppt

计算生物学讲座 李伍举 军事医学科学院基础医学研究所 * 基本概念 主要类容 数据库 序列比较 RNA二级结构预测 外源基因高效表达数学模型 蛋白质结构预测 进化树构建 基因预测：coding region, noncoding RNA genes 基因表达谱分析 计算工具：数据挖掘、模式识别等 BioSun软件介绍 What is computational biology Computational biology is a new field of research which develops models and software implementations for computational problems in molecular biology, biotechnology, and genetics. Such means are needed both in the basic research and in the industrial applications of biotechnology. Computer-aided DNA sequencing, sequence comparison, prediction of protein structures, docking of molecules, and the interpretation of electron microscopy or NMR data are examples of typical computationally intensive tasks. Bioinformatics refers to the development and use of the (molecular) biological databases 计算生物学定义 计算生物学是一门概念性学科，以生物信息 为基础，以计算为工具，解决生物学问题。 与生物信息学的定义类似，只是侧重点有所 不同。计算生物学侧重于计算与问题，通过计算 解决问题；生物信息学侧重于数据的管理与数据 库的构建。 数据库 目前，各式各样的生物数据库很多， 比较著名的有美国NCBI提供的Genbank， 欧洲生物信息学研究所的EBI，日本国家遗 传学研究所的DDBJ等。 每年的Nucleic Acid Res.数据库专刊 了解目前的生物信息资源 为计算生物学研究提供基础 序列比较 计算分子生物学中基本技术、非常重要 多方面应用：蛋白质结构预测、RNA二级结构预测、进化树构建、进化谱构建、序列模式构 建、基因功能预测和基因预测等。 比较形式多样：两个序列比较、多个序列比较；全局比较、局部比较；最优比较、次优比 较；扫描数据库等。 流行的比较：blast，参见NCBI,EBI网页 目前的难点：多序列的最优比较 序列比较中的基本参数 空格罚分：单独空格、延伸空格 Wx=g+rx 基本的相似性矩阵：残基与残基之间的 相似性，碱基与碱基之间相似性。最简单的就是单位矩阵。 Needleman-Wunsch算法 RNA二级结构预测 为什么要研究RNA二级结构预测 tRNA的转运氨基酸功能 核酶的催化功能 5’和3’端的非翻译区(UTR) 的结构对基因表达的影响 RNA二级结构中的基本结构 螺旋区(helical regions):稳定 发卡环(hairpin loop):不稳定 内部环(interior loop):不稳定 膨胀圈(bulge loop):不稳定 多分支环(multibranch loop):不稳定 评价指标:自由能 RNA二级结构自由能计算 RNA二级结构自由能=各个基本结构的自由能之和 基本结构的自由能由自由能计分系统确定 具体计算方法见： 军事医学科学院院刊，1995，19：293 自由能计分系统 Salser自由能系统 Turner自由能系统 /~zukerm/rna/ 碱基对之间的堆积能+环区的不稳定能 自由能计算 5`-AC-3` -1.8 5`-CG-3` -3.4 3`-UG-5` 3`-GC-5` 5`-GU-3` -1.8 H(4,10)=4.4 3`-CA-5` TotalG=-1.8-3.4-1.8+4.4=-2.6 (Kcal/Mol) RNA二级结构预测方法分类 Dynamic programming algorithms Kinetic foldi