MEGA4构建进化树.docVIP

MEGA 4 构建进化树→ Alignment→Eligment Explorer/clustal→Greate a new olignment→ok→yes→Edit→Insert Sequence From File→全选要建树的以记事本存储的序列→打开→Alignment→Align by clustal/w→ok→Data→Expore Aligment→MEGA FILE去掉文件名的* 重新命名 后缀不变 仍然为.meg→保存→Input file of the date→ok→yes→回到程序主界面→phylogeny→construst phylogeny------Neighbor Joining(NJ)-------√compute----输出无根的进化树――――点击左侧的进化树图形――――可以编辑菌种名称―――image----copy to clipboard---粘贴到WORD中―――回到主界面――――Phylogeny---Bootstrap Test of phylogent---Neighbor joining---- Bootstrap 1000 relicates（系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。设定完成，点OK，开始计算。 ）---选择compute--- ...经过一番计算之后（这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比），程序就会产生这么一个树，该窗口中有两个属性页，一个是原始树，一个是bootstrap验证过的一致树。树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比。 如下图所示： 输出进化树 ―――同上的保存方法 16、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档 如下图所示： 17、可以切换树的显示模式 如下图所示： 18、调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等 如下图所示：