Inspur-生命科学高性能计算应用特征分析.pptxVIP

生命科学高性能计算应用特征分析目前涉及的生命科学应用基因组信息学 基因测序，序列拼接基因组序列信息的提取和分析基因的发现与鉴定蛋白质空间结构模拟与预测分子模拟技术蛋白质空间结构预测药物分子设计靶分子的确定药物分子设计基因芯片设计基因芯片，蛋白质芯片，组织芯片三维分子重构质谱分析应用需求特点分析 方向 应用 特点 需求序列比对BlastMpiblastClustal WClustal XFasta 序列比对软件的运行特征是：检索、查询、比较、输出。 其特点如下：检索速度慢对系统的I/O的要求高程序消耗内存大节点计算能力强节点内存配置大并行存储带宽高序列拼接BWASOAPBioscopeBFASTCoronaNewblerVELVETSAETAbyssSOAPdenovoVCAKE一般运行与32、64位操作系统下，至少需要5G的物理内存，对人类等较大基因组，一般需要150G内存。 其特点如下：内存需求超高I/O需求高不同物种基因组对硬件平台需求有较大差异单节点超高计算能力单节点超大内存配备应用需求特点分析 方向 应用 特点 需求全基因组关联分析（GWAS）PlinkMACH IMPUTEBEAGLEfastPHASE 在遗传流行病学上，全基因组关联研究（GWAS）是一种检测特定物种中不同个体间的全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因变化有多大的一种方法。其特点如下：较高的内存需求I/O需求较高节点内存配置大并行存储带宽高MappingSAMtoolsSOAP2SOAPsnp 测序仪在测序时产生的都是长约25bp~100bp左右的小片段序列，而对这些小片段进行定位的过程就称作“作图”（mapping）。 其特点如下：较高的内存需求I/O需求较高不同的应用以及不同软件对内存的需求不同节点内存配置大并行存储带宽高应用需求特点分析 方向 应用 特点 需求分子动力学GROMACSAmberNAMDCHARMMTHINKERDL_POLYLAMMPS 分子动力学软件的运行特征是：高并行、高计算量、高带宽、部分支持CUDA。 其特点如下：MPI通信频繁，浮点运算量大对网络要求较高，适宜在IB网络下运行对内存，I/O，硬盘等无特殊要求不同应用体系以及不同算法对硬件的需求略有差别，应该针对具体应用选择合适软件以及算法以及参数等网络带宽要求高部分应用适合GPU运行高性能计算系统构建管理服务器NF5280M32U机架，2颗Intel Xeon E5-2600系列处理器；24个内存插槽，最大支持768GB Ecc Reg 1600MHz内存；24个硬盘槽位，支持SAS/SATA/SSD硬盘集群管理与登录双路刀片服务器Nx54408U20节点，支持2颗Intel Xeon E5-2600系列处理器；1+1冗余管理模块内置Infiniband交换模块，对外16个QDR接口内置以太网交换模块，对外4个千兆，4个万兆接口分子对接应用：DOCK序列比对应用：BWA BLAST 质谱检索与三维重构：X!!TANDEM EMAN双路GPU/MIC加速服务器NF52882U机架，2颗Intel Xeon E5-2600系列处理器；16个内存插槽，最大支持512GB Ecc Reg 1600MHz内存；8个PCIE 3.0 x16插槽，支持4块GPU与MIC卡全速计算分子动力学应用GROMACS NAMD AMBER八路胖节点服务器TS8506U机架，8颗Intel Xeon E7-8800系列处理器QPI直连；64个内存插槽，最大支持2TB Ecc Reg 1333MHz内存；支持物理硬件分区，支持管理和监控的彩色4寸以上LCD触控屏通过Vmware、Windows、Redhat、Solaris、CE、UL等认证全基因组关联分析IMPUTE BEAGLE 序列拼接VELVET SOAP 并行存储系统AS3000云存储、高性能集群架构存储系统；标配8个64位存储处理器；控制节点与数据节点分离，节点数量可并行扩展64个；节点之间共享存储空间并能同时访问同一目录，支持全局命名空间；系统兼容不同品牌存储设备，可利用原有磁盘阵列空间；序列比对：BWA BLAST 序列拼接：VELVET SOAP质谱检索：X!!TANDEM 拓扑示例图生命科学案例客户单位：中国基因组研究所BIG/2009~2011年应用特点：生命科学全行业应用：测序、拼接、分子、药物等方案介绍：180个浪潮Nx560T刀片系统，6个浪潮双路节点，整合了浪潮原有的112刀片集群，万兆为主干的计算网络，计算能力36T谢 谢！ 生命科学：研究生命现象、生命活动的本质、特征和发生、发展规律，以及各种生物之间和生物与环境之间相互关系BWA,BFAST,SOAP等软件内存需求量大，如果是人类基因组比对，拼