人肝等重要脏器分子数据库的建立及相关生物信息学分析体系的开发和.pptVIP

2000-01-20 1999年博士后中期考核报告 2000-01-18 1999年博士后中期考核报告 1999年博士后中期考核报告 生物信息学总论 军事医学科学院 放射与辐射医学研究所 张成岗 @ 2008.03.10 内容提纲 概论：生物信息学诞生的时代背景 经典生物信息学 数据库及其利用 序列分析：核酸序列、蛋白质序列 现代生物信息学 生物网络分析：生物分子相互作用网络 结构生物学：生物分子的结构?功能 系统生物学、理论生物学、生物进化等 概论 生物信息学诞生的时代背景 二十世纪是生命科学大发展的时代 遗传密码 DNA双螺旋 蛋白质结构解析 人类基因组计划 后基因组计划 系列“组”计划 海量信息的涌现催生了生物信息学 以人为例 23对 = 46条染色体 30亿碱基对(base pairs) 2~3万个基因 ? 基因组学 10万种以上蛋白质 ? 蛋白质组学 基因表达、作用、调控网络 不同生物基因组比较 基因序列的解析呼唤生物信息学 “基因序列”数据空前丰富 大量模式生物全基因组序列的获得 大量cDNA序列的出现(cDNA文库大规模测序) “基因信息”解析任务空前繁重 如何解析基因组及其所有可能的编码基因 如何解析基因组中的非编码基因 如何解析基因组中的非基因信息 如何解析这些基因参与的表达调控网络 “读懂基因组”是后基因组时代的挑战 生物信息学是其中的关键工具之一 生物信息学的提出及其概念 生物信息学主要是指核酸和蛋白序列和结构数据的计算机处理和分析，包括： 数据的采集/序列测定、结构测定等 储存/硬盘+光盘+磁带、 管理/数据库*(注释、检索) 传播/Internet网络 分析手段/算法 及 分析工具/软件 其最终目标是从浩如烟海的序列数据和结构数据中提取理性知识 生物信息学的一般含义 主要指多种序列数据(核酸和蛋白质等)和多种结构数据(单一结构、相互作用结构)以及其他相关数据的计算机处理和分析。 生物信息学的一般含义 数据的采集：序列测定、结构测定 储存(介质与方式)：硬盘+光盘+磁带 管理(取用)：数据库(注释、检索) 传播(Distribution)：Internet网络 分析(手段/算法、工具/软件) 生物信息学的内涵 从浩如烟海的序列和结构等数据中获取理性知识 数据挖掘(Data mining) 知识形成(Knowledge discovering) 游戏=数据+规则 || 生物信息学=数据游戏 相关概念 生物信息学 医学信息学 化学信息学 神经信息学 ……信息学 本次课程的具体内容： 序列以及序列格式 序列格式转换 数据库中数据的采集与存储 数据采集 序列数据 核酸序列：直接序列测定 同位素标记测序、荧光标记测序、多道测序 电泳原理 || DNA测序仪 蛋白质序列：直接序列测定 蛋白质直接测序 质谱鉴定：规模化、高通量、微量化 计算机直接推测 || 开放阅读框架(ORF)分析 序列数据 RNA序列测定 转化为DNA测序 糖链序列测定 化学信息学 其他序列测定 化学信息学 结构数据的获取 核磁共振成像(NMR) X射线衍射成像 生物物理学 生物大分子 生物分子复合物 抗原+抗体 配基+受体 数据储存 原始图像格式 Raw data 可读序列数据：可视化 可读结构数据：可视化 生物信息学数据库及其分析 基本数据库:原始数据 DNA序列 蛋白质序列 蛋白质结构等 二级数据库(含有特定功能) 对基本数据库分析、提炼加工 真核生物启动子数据库(Eukaryotic promoter database, EPD) 蛋白质序列中的共同结构和功能基序数据库(PROSITE database) SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/) TRANSFAC 数据库的结构 原始(序列)数据 对这些数据进行的生物学意义的注释 注释和原始(序列)数据具有同等重要性 姓名＋属性… Data+Information 相当于数据的简历 DNA数据库 三大核酸序列数据库 EMBL数据库：欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute, EBI)维护 GenBank数据库：美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)维护 DDBJ数据库：日本国立遗传学研究所(Japan National Institute of Genetics Center for Information Biology)维护 EMBL数据库每日更新，每年发行四版 数据库的分类发行 2002年12月16日发行的第73版EMBL数据库中，总计超过2千万条、279亿碱基数