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第六章 分子动力学;6.1 引言;;;讨论三种不同情况：;6.2 利用简单模型的分子动力学;;;6.3 具有连续势的分子动力学;6.3.1有限差值法;;若干积分方法;;说明：;2．Leap-frog算法[Hockney 1970];3．The velocity Verlet方法[Swope etal. 1982];4. Beemans算法[Beeman 1976];6.3.3 哪一种算法最适合？;;6.3.4 时间步长选择;;6.4 分子动力学模拟的设定和运行;二．粒子受力的计算;三、分子动力学模拟运行;;6.4.1 计算温度;6.5约束动力学(constraint dynamics); 3. Constraints分子动力学应用. Constraints分子动力学：是强加于体系的一个条件，如，把键长、键角固定不动。 最一般的方法是SHAKE过程 [Ryckaert et al. 1977] 简单体系一般原理 假设体系包括一个盒子在二维无摩擦的斜面（坡）下滑。盒子被限制维持在斜坡上，因此盒子的x和y坐标满足斜面的方程（即y=mx+c），如果斜面不存在，那么盒子将垂直地向下。;;;;;;;;;;6.7 恒温恒压分子动力学（Molecular dynamics at constant temperatu