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系统合成生物学小组作业展示 （第一组）文章主题：新时代的高通量测序技术 小组成员及任务： • 秦家冉：翻译文章，ppt制作，演讲 • 雷正楠：翻译文章 • 彭崇雄：翻译文章 目录： • 简介 • 常用测序辅助技术 • SBL测序方法——SOLiD cPAL • SBS测序方法——CRT （Illumina CRT 系统，GeneReader系统） SNA （454焦磷酸测序装置，Ion Torrent平台） • 短读平台的比较 • 长读平台简单概述 • 连接阅读测序与合成长读 一.Short-read NGS 简介；此测序方法有两个类别：SBL(通过连接测序) SBS( 通过合成测序) SBL: 与荧光团结合的探针序列与DNA 片段杂交，并与相邻的寡核苷酸连 接成像，荧光团的发射光谱指示与探针内的特定位置互补的碱基的同一 性 SBS ：通过单分子列阵实现在小型芯片上进行PCR反应，应用可逆阻断技 术实现每次只合成一个碱基，并标记荧光基团，激发后捕获激发光，读 取对应碱基信息 常见辅助测序技术 A.DNA 微阵列 即基因芯片，在固相表面合成成千上万个寡核苷酸探针再与放射性同 位素或荧光标记的DNA 或CDNA 杂交，通过放射性自显影或激光共聚焦 显微镜扫描后，对杂交结果进行计算机软件处理，获得杂交信号的强度 及模式分布图 B. NANOSTRING 设计一对一对的探针，每对探针均分为Capture探针（捕获探针）、和 Report探针（报告探针），两种探针均有50个碱基，CAPTURE探针的作用 是把目标MRNA 给抓住（对应目标MRNA 的5 ‘段），并固定到玻璃板上。 REPORT 探针，与目标MRNA 相结合的同时带了一串6个彩色的小珠子，通 过小珠子的颜色和排列，光学识别软件可以在后期识别过程当中，把不同 的REPORT 探针给识别出来，并加以区分、和统计。（每次实验，最多可 以测800种探针。也就是说一次最多可以测800种基因的MRNA ） 常见辅助测序技术 C.qpcr 实时定量PCR技术，在常规PCR体系中加入荧光基团，利用荧光信号累计实时 监测pce扩增反应中每一个循环产物量的变化，最后通过标准曲线对未知模板进行 定量分析/view/6c0a011ffad6195f302ba605.html D, Optical mapping 基因组DNA 以单个DNA分子的形式固定在长的平行的阵列中，固定的DNA依 然保持其原有的静电属性。DNA被限制性内切酶处理，切得的限制性酶片段按 DNA原来的顺序保持不变。将基因组DNA进行染色、扫描、计算、组装一系列工 作，作出全基因组限制性内切酶酶切图谱。 消化的DNA使用荧光染料染色，再置于全自动的荧光显微观察仪采集数据。测 量每个DNA分子限制性内切酶片段的大小和顺序，光信号转化成数字信号生成单 个DNA分子的限制性内切酶酶切位点图谱。通过DNA分子限制性内切酶酶切位点 图谱相互重叠的部分拼接得到全基因组限制性内切酶酶切位点图谱——光学图谱 模板群体DNA 的克隆策略 • 基于珠的（乳液PCR）：DNA模板产生是样品DNA 的断裂，随后连接 到普通衔接子用于克隆扩增和测序。对于珠基制剂，一个衔接子与固 定在珠子上的寡核苷酸片段互补 （图1a）。使用乳液PCR 8 ，DNA模板 被扩增，使得多达100万克隆DNA 片段被固定在单个9珠上。 模板群体DNA 的克隆策略 • 固相桥放大 固态扩增避开使用emPCR有 利于直接在载玻片13上扩增（图 1b ，c）。在这种方法中，正向 和反向引物随机地或在图案化的 载玻片上共价结合到载玻片表面。 这些引物提供了单链DNA （ssDNA）模板可以结合的互补 末端 模板群体DNA 的克隆策略 • 固相模板扩增 游离DNA模板与结合的引物杂 交 第二链被扩增 dsDNA部分变性，允许自由端 与附近的引物杂交