棘头梅童鱼的遗传多样性与种群遗传结构分析-analysis of genetic diversity and population genetic structure of echinocephalus giganteus.docx

棘头梅童鱼的遗传多样性与种群遗传结构研究摘要棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）隶属鲈形目（Perciformes）、石首鱼科（Sciaendae）、梅童鱼属（Collichthys），为我国重要的暖温性、小型底栖经济鱼 类。近年来由于过度捕捞和环境破坏等因素的影响，棘头梅童鱼资源不容乐观。 本研究采用线粒体 DNA 标记和核基因微卫星标记，全面调查了我国沿海棘头梅 童鱼的遗传多样性现状，揭示了种群遗传结构和系统地理格局，阐明了西北太平 洋古气候和现今的海洋地理环境对棘头梅童鱼种内遗传多样性和群体地理分布 格局的影响。同时采用多个线粒体 DNA 片段标记探讨了棘头梅童鱼与黑鳃梅童 鱼的遗传分化现状，为两个种的分类和种间亲缘关系的研究提供了遗传学证据。 研究结果为我国梅童鱼资源的合理开发利用和保护提供了科学依据。1. 棘头梅童鱼群体的线粒体 DNA 序列分析 对采自我国沿海的棘头梅童鱼群体的线粒体 DNA 控制区、Cytb 和 ND5 片段全序列进行了测序并分析了控制区序列结构，基于序列单倍型构建的邻接关系树都表明其系统发育关系明显分为南北两个类群，两个类群在采样地点上基本以 舟山和温州为分界线，两个类群的分化很可能来自更新世冰期东中国海和南中国 海的隔离。在三种标记上，对于线粒体控制区和 ND5 的分支仅在宁德一个群体 中共存，而在 Cytb 上的宁德群体完全属于北方类群，且在福州和长江口群体发 生共存。宁德群体的特殊性可能由于宁德湾封闭的水文环境使进入湾内的个体与 外海群体间的交流中断导致。三个标记都揭示了较高的单倍型多样度和较低的核 苷酸多样度，提示群体经历了扩张。2. 棘头梅童鱼群体的微卫星分析采用 10 对微卫星引物对 9 个棘头梅童鱼地理群体进行了微卫星分析。与其他群体相比，连云港群体在 4 个微卫星位点上均为单态，且在其他位点的多态性也非常之低，该结果提示连云港可能是棘头梅童鱼分布的偏北端群体，在群体演化过程中发生了奠基者效应。根据不同群体等位基因频率的分布差异，对剩余 8 个群体的群体遗传分析结果表明两两群体间的遗传分化指数 FST 较大且显著，提 示群体间的基因交流非常有限。根据两两群体的遗传差异程度，采用邻接 AMOVA 的方法将棘头梅童鱼群体划分为三组，其中上海和长江口的群体划分为 一组，舟山、温州、宁德和福州划分为一组，厦门和深圳划分为一组，分析结果 与线粒体所显示的南北两大类群并不一致，组间的遗传中断可能由长江以及台湾 海峡引起。微卫星群体遗传结构的结果与线粒体结果的差异一方面可能是由于微 卫星的突变速率比线粒体控制区快；另一方面，来自于海洋地理环境的阻隔和扩 散潜力的差异对微卫星标记的影响要高于线粒体标记，线粒体历史上分化的分支 可能通过近期的混合或杂交在核基因上被削弱。3. 棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼的系统分化研究 棘头梅童鱼和黑鳃梅童鱼为梅童鱼属仅有的两种鱼类，两个种在外部形态上高度相似。本研究中我们分别利用线粒体 DNA 控制区、Cytb 和 ND5 片段全序列比较了两个种的系统发育关系，两种间三个片段高度分化，净遗传距离分别为 0.154、0.105 和 0.027，明显高于棘头梅童鱼种内分支间的净遗传距离。根据 2%/ 百万年的 Cytb 分歧速率，推断两个种的分化时间约在 525 万年前，并由此推断 梅童鱼线粒体 DNA 控制区和 ND5 的核苷酸分歧速率分别是 2.8%和 0.5%。关键词：棘头梅童鱼；线粒体 DNA；控制区；Cytb 基因；ND5 基因；微卫星； 系统地理格局；群体遗传结构；黑鳃梅童鱼；系统发育关系Studies on genetic diversity and population structure ofCollichthys lucidusAbstractCollichthys lucidus, a member of Collichthys genus, Sciaendae, is one of the most commercially important warm-temperature and demersal smaller fishes around coasts of China. Due to overfishing and environmental disruption, the amounts of C. lucidus declined obviously in recent years. To investigate the genetic diversity of this species, we collected samples from most range of its distribution and tes