链状亚历山大藻高通量转录组测序与基因表达研究-study on high throughput transcriptome sequencing and gene expression of alexandrium chain.docxVIP
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链状亚历山大藻高通量转录组测序与基因表达研究-study on high throughput transcriptome sequencing and gene expression of alexandrium chain
链状亚历山大藻高通量转录组测序与基因表达分析摘要赤潮是一种有害的生态现象,赤潮的发生对于人类身体健康、海洋环境、渔业以及旅游业都会产生严重的影响。随着全球经济的加速发展,赤潮发生的频率不断增加,范围不断加大,产生的危害也不断加剧,因此,赤潮成为了全球研究的热点。赤潮的发生过程伴随着赤潮生物的生物量爆发性的增殖和消亡,研究者们已经从生理生态的方面对赤潮生物爆发性增殖进行了研究,但目前为止,关于赤潮爆发的分子机制研究较少。本文利用高通量测序技术对链状亚历山大藻延迟期、对数期和诱导下对数期的转录组进行的测序,将得到的数据进行聚类去冗余,获得链状亚历山大藻转录组的整体信息。在链状亚历山大藻的转录组中共得到118,304条unigenes,平均长度为673bp。对这些unigenes的功能进行分析,共77,936条unigenes得到了功能注释,其中不仅得到了编码核心组蛋白的序列,而且也发现了编码连接组蛋白的序列,并对该序列进行了深入分析,结果发现链状亚历山大藻的连接组蛋白基因具有一个古老的起源;24,194和22,956条unigenes分别通过GO和COG进行了分类;另外,通过KEGG分析,发现16,467条unigenes参与到322条代谢通路中,其中有190条unigenes参与到内吞代谢途径中,对内吞途径进一步的分析发现,其中包含网格蛋白和接头蛋白AP2,推测网格蛋白依赖的内吞作用可能在甲藻异养营养中发挥重要作用。对得到的unigenes进行结构分析,共得到1,143个简单重复序列位点,其中三核苷酸重复基序所占比例最多,并发现在二核苷酸重复基序中CG/GC出现的频率是最高的,与其他物种相比,表现出较大差异;另外,共检测出21条含有可变剪接前导序列的unigenes,发现它们均为表达量高的unigenes。同时,本实验通过对三个样本的转录组中的unigenes的表达量进行比较分析,对其中的一个差异基因——富含甘氨酸蛋白基因(grp),进行了全长扩增,通过结构分析发现该基因含有冷休克结构域,构建的系统发育树显示链状亚历山大藻中的grp基因是与冷休克结构域蛋白具有较近的亲缘关系,研究者对冷休克结构域蛋白的研究表明编码该蛋白的基因在分裂能力较强的细胞中表达量高;同时对grp基因进行了荧光定量验证,结果表明,该基因在诱导下对数期的表达量最高,其次是对数期,而在延迟期的表达量最低,由此可以看出grp基因的表达量与链状亚历山大藻细胞的分裂能力趋势一致。推测grp基因与链状亚历山大藻细胞的分裂密切相关,为进一步探究赤潮爆发性增殖的分子机制提供有利线索。关键词:链状亚历山大藻;高通量测序;连接组蛋白;内吞作用;剪接前导序列;富含甘氨酸蛋白TranscriptomedenovoassemblysequencingandgeneexpressionanalysisofAlexandriumcatenella(Dinoflagellate)AbstractAsanecologicalphenomenon,harmfulalgalblooms(HABs)or‘redtides’hasobtainedwideattention,foritsseriousimpactonthehumanhealth,environment,aquaculture,fisheriesandtourism.Theoutbreakof‘redtides’havebeenstudiedinthefieldofecologyandphysiology.However,theresearchislimitedinthefieldofmolecularmechanism.AlexandriumLebourBalechisanimportantdinoflagellateofHABs.ThedinoflagellateAlexandriumcatenellaforms‘redtides’producingparalyticshellfishpoisoning(PSP).Inthisstudy,A.catenellatranscriptomesfromthreestagesweresequencedusingIlluminapaired-endsequencingtechnology,respectively.Assembledtranscriptsofthethreesampleswereclusteredtounigenes.Atotalof118,304unigeneswereidentifiedwith65.9%(77,936)unigeneswereannotatedwithknownproteinsbasedonsequencesimilarities,amongwhich24
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