剖面隐含马尔可夫模型profileHMM实例分析.PDF

剖面隐含马尔可夫模型 （profileHMM）实例分析 引用包家立老师课件 模型结构 建立profileHMM 主要步骤： 1.确定匹配状态 （主状态） 2.计算匹配状态和插入状态符号的发出次数 3.计算各种状态的转移次数 4.将符号发出次数和状态转移次数分别转换为相应的概率 实例分析 X X 一 一 一 X 蝙蝠(bat) X A G 一 一 一 C X 大鼠(rat) X A — A G — C X 猫(cat) X A G — A A 一 X 蚊子(gna) X 一 一 A A A C X 山羊(goa) X A G 一 一 一 C X 0 1 2 3 4 “X” 其中 表示该列标记为匹配状态 (M) (I) (D) 剖面隐含马尔可夫模型包含匹配状态 ，插入状态 和缺失状态 三种状态的从左至右(left-right)的结构。 对剖面隐含马尔可夫模型，每个节点是匹配状态用矩形表示 ，插入( ) 状态用菱形表示 ，删除状态 用圆形表示 ，再引入开始( ) ( ) (start)状态和 结束(end)状态两个状态，这两个状态不发出任何符号。 匹配状态表示序列在该列有一个字符发出； 删除状态表示在该列没有字符发出； 插入状态允许在列与列之间发出附加字符； 因此，每条序列从开始到结束均通过这些状态穿越模型，每列都有残 基的分布和状态之间的转移。 剖面隐含马尔可夫模型 多序列联配状态转移概率和符号发出概率的计算方法 如下： (1) 首先计算匹配状态和插入状态符号的发出次数；（在 profile HMM 中，核酸序列比对的每一个匹配状态或插入状态或删除状态有 4 几个取值： 个） “A” 4 对于第一个匹配状态，发出符号 的次数是 ，发出其他符号的次 0 “G” 3 数均为 ；第二个匹配状态，发出符号 的次数是 ，发出其他符号 0 “C” 4 的次数均为 ；第三个匹配状态，发出符号 的次数是 ，发出其他 0 符号的次数均为 。 (2) 计算各种状态的转移次数； M0M1 4 M0I0 0 M0D1 1 ， ， ； I0M1 0 I0I0 0 I0D1 0 ， ， ； M1M2 3 M1I1 0 M1D2 1 ， ， ； I1M2 0 I1I1 0 I1D2 0 ， ， ； D1M2 0 D1I1 0 D1D2 1 ， ， ； M2M3 2 M2I2 1 M2D3 0 ， ，