六种粉蝶线粒体基因组比较分析及其系统发生分析-comparative analysis and phylogenetic analysis of mitochondrial genome of six butterfly species.docxVIP

六种粉蝶线粒体基因组比较研究及其系统发生分析摘要昆虫线粒体基因组为闭合双链环状 DNA 分子，大小一般为 15 至 16 kb，由 典型的 37 个基因组成：13 个蛋白质编码基因、2 个 rRNA 基因、22 个 tRNA 基 因和一个非编码区。由于线粒体基因组的分子量小、结构简单、为严格的母系遗 传、进化速度快，所以被广泛用于动物的系统与进化生物学研究。它们的核酸和 氨基酸序列、基因排列顺序、tRNA、rRNA 二级结构以及通用遗传密码的偏倚特 征等都为动物系统发生的研究提供了有价值的分子性状。近二十年来，基于线粒 体全序列的昆虫系统学研究越来越受到研究者的欢迎，并且取得了许多有意义的 成果。目前，昆虫各类群线粒体基因组序列数据的资料已有很多报道，但是，这 些序列在昆虫各个类群中的分布很不均衡。少数目级分类阶元还缺乏相应的序列 数据，有的科级分类阶元也还缺乏或只有极少数代表种类的序列数据。粉蝶科是蝶类（鳞翅目、双孔次亚目）中一个主要的类群之一，目前只有五 个代表性物种的线粒体基因组序列数据被测定出来（包括本文的鹤顶粉蝶）。本 文利用 long PCR 和分子克隆相结合的方法测得粉蝶科六个物种：莫氏小粉蝶、 迁粉蝶、橙翅襟粉蝶、灰姑娘绢粉蝶、鹤顶粉蝶、红肩锯粉蝶的线粒体基因组全 序列。同时，从比较基因组和进化生物学的角度对这些新测定的线粒体基因组和 其他已报道的蝶类线粒体基因组作了比较分析。莫氏小粉蝶、迁粉蝶、橙翅襟粉蝶、灰姑娘绢粉蝶、鹤顶粉蝶、红肩锯粉蝶 线粒体基因组长度分别为 15122 bp、15142 bp、15180 bp、15144 bp、15701 bp 和 15115 bp，都包括 13 个蛋白质编码基因（ATP6，ATP8，COI-III，ND1-6，ND4L， Cytb）、22 个 tRNA 基因、2 个 rRNA 基因 (lrRNA 和 srRNA)以及非编码的控制 区。基因的排列顺序和方向与其它已测蝴蝶的一致，未出现基因重排现象。莫氏小粉蝶、迁粉蝶、橙翅襟粉蝶、灰姑娘绢粉蝶、鹤顶粉蝶、红肩锯粉蝶 线粒体基因组线粒体基因组分别包含 11、15、14、13、9 和 10 个基因间隔区， 间隔总长度分别为 97 bp、86 bp、125 bp、86 bp、109 bp 和 92 bp。最大间隔均 在 tRNAGln 与 ND2 基因之间；基因间分别存在 13、8、12、11、14 和 9 处重叠， 总长度分别为 33 bp、26 bp、38 bp、37 bp、38 bp 和 33 bp。六种粉蝶的 lrRNA 和 srRNA 基因长度分别为 1 337 bp 和 764 bp、1332 bp 和 779 bp、1348 bp 和 780 bp、1332 bp 和 771 bp、1323 bp 和 777 bp、1342 bp 和 752 bp；除 tRNASer(AGN)I缺少二氢尿嘧啶臂，在相应的位置上只形成一个简单环外，其余的 tRNA 基因都能形成典型的三叶草结构。莫氏小粉蝶、迁粉蝶、灰姑娘绢粉蝶、鹤顶粉蝶、红 肩锯粉蝶的 COI 基因均以 CGA 起始，而橙翅襟粉蝶 COI 基因以及其它的 12 个 蛋白质编码基因均已标准的 ATN 作为起始密码子；六种粉蝶的 COI、COII、ND4 基因以及莫氏小粉蝶、迁粉蝶、鹤顶粉蝶和红肩锯粉蝶的 ND5 基因都以不完整 的密码子 T 作为终止密码子，其余基因都以标准的 TAN（TAA 或 TAG）作为终 止密码子。莫氏小粉蝶 A+T 丰富区全长为 365 bp，A+T 含量为 89.3%，同时还 存在类似微卫星的重复序列(TA)9(AT)3 等；迁粉蝶 A+T 丰富区全长为 313 bp， A+T 含量为 97.1%，同时还存在类似微卫星的重复序列 (TA)9 和 Poly-A 等；橙 翅襟粉蝶 A+T 丰富区全长为 318 bp，A+T 含量为 90.3%，同时还存在类似微卫 星的重复序列(TA)8，(AT)6, (TA)9(AT)3；灰姑娘绢粉蝶 A+T 丰富区全长为 368 bp， A+T 含量为 95.9%，同时还存在类似微卫星的重复序列 (AT)9 和 Poly-A 等；鹤 顶粉蝶 A+T 丰富区全长为 899 bp，A+T 含量为 92.2%，除了存在类似微卫星的 重复序列 (AT)10，(AT)10 和 Poly-A 结构外还存在两个 271 bp 长的重复区和两个 类似 tRNALeu(UUR)基因的结构；红肩锯粉蝶 A+T 丰富区全长为 341 bp, A+T 含 量为 95.3%，仍然存在类似微卫星的重复序列 (TA)7，(TA)7 和(AT)8。本文以茶小卷叶蛾 (Adoxophyes honmai) 为外类群，基于线粒体基因组 1