不同地区传统乳制品中乳明串珠菌的多位点序列分型分析-multi - site sequence typing analysis of leuconostoc in traditional dairy products in different regions.docxVIP

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2018-05-28 发布于上海
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不同地区传统乳制品中乳明串珠菌的多位点序列分型分析-multi - site sequence typing analysis of leuconostoc in traditional dairy products in different regions.docx

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不同地区传统乳制品中乳明串珠菌的多位点序列分型分析-multi - site sequence typing analysis of leuconostoc in traditional dairy products in different regions

目录 HYPERLINK \l _bookmark0 1 引言 1 HYPERLINK \l _bookmark1 1.1 传统乳制品 1 HYPERLINK \l _bookmark2 1.2 明串珠菌 1 HYPERLINK \l _bookmark3 1.2.1 明串珠菌概述 1 HYPERLINK \l _bookmark4 1.2.2 明串珠菌系统发育关系和分子进化研究 2 HYPERLINK \l _bookmark5 1.3 多位点序列分型（Multilocus sequence typing, MLST） 3 HYPERLINK \l _bookmark6 1.3.1 MLST 概述 3 HYPERLINK \l _bookmark7 1.3.2 MLST 技术在乳酸菌研究中的应用 5 HYPERLINK \l _bookmark8 1.4 立题目的及意义 7 HYPERLINK \l _bookmark9 2 材料与方法 8 HYPERLINK \l _bookmark10 2.1 试验材料 8 HYPERLINK \l _bookmark11 2.1.1 样品来源 8 HYPERLINK \l _bookmark13 2.1.2 试验所用试剂及缓冲液 9 HYPERLINK \l _bookmark14 2.1.3 试验仪器及生物信息学分析软件 10 HYPERLINK \l _bookmark15 2.2 试验方法 10 HYPERLINK \l _bookmark16 2.2.1 基因组总 DNA 提取及纯度的检测 10 HYPERLINK \l _bookmark17 2.2.2 PCR 扩增 MLST 目的基因片段 11 HYPERLINK \l _bookmark20 2.2.3 测序及整理序列 13 HYPERLINK \l _bookmark21 2.2.4 MLST 序列分析 13 HYPERLINK \l _bookmark22 3 结果分析与讨论 14 HYPERLINK \l _bookmark23 3.1 DNA 提取结果 14 HYPERLINK \l _bookmark25 3.2 PCR 扩增结果 14 HYPERLINK \l _bookmark29 3.3 乳明串珠菌的 MLST 结果分析 17 HYPERLINK \l _bookmark30 3.3.1 试验菌株的等位基因及 ST 分型结果 17 HYPERLINK \l _bookmark32 3.3.2 等位基因核苷酸序列的生物信息学分析 19 HYPERLINK \l _bookmark35 3.3.3 等位基因的重组分析 21 HYPERLINK \l _bookmark37 3.3.4 ST 型的 eBURST 分析 23 HYPERLINK \l _bookmark41 3.3.5 不同 ST 型的聚类分析 28 HYPERLINK \l _bookmark44 4 结论 30 HYPERLINK \l _bookmark45 致谢 32 HYPERLINK \l _bookmark46 参考文献 33 HYPERLINK \l _bookmark47 作者简介 40 插图和附表清单 1. HYPERLINK \l _bookmark24 图 1 部分分离菌株 DNA 琼脂糖凝胶电泳图 14 2. HYPERLINK \l _bookmark26 图 2 8 个持家基因在菌株 ATCC8293 基因组上的位点分布 15 3. HYPERLINK \l _bookmark27 图 3 4 个持家基因 PCR 扩增凝胶电泳图 16 4. HYPERLINK \l _bookmark28 图 4 8 个持家基因的等位基因多样性分析 17 5. HYPERLINK \l _bookmark33 图 5 8 个持家基因的等位基因值数量 19 6. HYPERLINK \l _bookmark36 图 6 乳明串珠菌的 8 个持家基因的重组分解分析图 23 7. HYPERLINK \l _bookmark38 图 7 50 株乳明串珠菌的 ebrust 分析图 24 8. HYPERLINK \l _bookmark39 图 8 50 株乳明串珠菌分离株 ST 型的最小生成树（分离地点） 25 9. HYPERLINK \l _bookmark40 图 9 50 株乳明串珠菌分离株 ST 型的最小生成树（分离源） 27 10. HYPERL