结构基因组学与蛋白质核磁共振（nmr）光谱.doc

结构基因组学与蛋白质核磁共振（NMR）光谱 第19卷第3期 2006年5月 重庆教育学院学报 JournalofChongqingCollegeofEducation VoI.19NO.3 May,2006 结构基因组学与蛋白质核磁共振(NMR)光谱 李宏,姜怀春 (1重庆教育学院生命科学与化学系,重庆400067;2最庆工商大学学报编辑部,重庆400067) 摘要:阐述了核磁共振光谱在蛋白质结构基园组学研究中的重要作用.包括核碰共振光谱在结构基因组学研究 中的优点和缺点.研究技术进展和展望. 关键词:核磁共振;光谱;蛋白质;结构基因组学;高流量方法 中图分类号:X502文献标识码:A文章编号:l008—6390(2006)03—0025一o3 蛋白质核磁共振(NMR)光谱完善了结构基因 组学研究中的X一射线晶体衍射分析,一些不能用 X一射线晶体衍射分析方法检测的蛋白质结构,可以 用NMR来检测.NMR和X一射线晶体衍射分析方法 都可以用来测定蛋白质的三维结构和蛋白质的生物 化学和物理化学功能…. 结构基因组学包括测定,分析和传播自然界中 所有蛋白质和RNA分子的三维结构,为结构生物 学,功能基因组学和生物信息学研究提供了新的机 会.结构基因组学研究需要大规模结构测定和通过 高流量建模(high—throughputmodeling)来扩增这些 数据[“.普遍认为X一射线晶体衍射使用同步辐射 (synchrotronradiation)和多波长反常色散(multi. wavelengthanomalousdispersion)来测定晶体结构将 在基因组规模的结构分析中起重要作用.溶液状态 的NMRfsolutionstateNMR)将在后基因组分析中起 补充作用.特别是在以下三种情况下: (i)不能提供晶体衍射分析研究的蛋白质晶体 的蛋白质: (ii)15%一20%的新蛋白质的结构是用NMR方 法测定的: (iii)序列专一性共振分配(sequence～specific resonanceassignment)为研究蛋白质不同的功能和 性质提供了基础[. 1基因组蛋白质的结构测定和结构预测 X射线衍射和NMR是蛋白质结构测定的两大 互补方法,在进行三维结构测定之前,要使用质谱, 圆二色,一维NMR,光散射等手段评估样品是否适 合三维结构测定.近年来生物大分子X射线晶体学 的研究进展快速,给大量确定未知蛋白质的结构创 造了良好的条件.蛋白质结晶一直是X射线晶体学 中的瓶颈.目前,新型的机器人结晶装置每天可以 进行大于100000次的尝试,高流量的蛋白质结晶 已经成为可能.而且蛋白质晶体收集和转移的条件 也已大大改善,晶体放置,观测,数据收集等的自动 化程度也越来越高.NMR在结构测定中是X射线 方法的重要补充,大部分蛋白质的三维结构可以通 过建模来确定,目前建立蛋白质结构模型的方法有 三种:从头计算(abinitio)法,比较建模(compara. tivemodeling)法和折叠识~lj(foldrecognition)法[2_3]. 2NMR在结构基因组学研究中的优点和缺 点 溶液状态NMR分析方法的几个优点使NMR 特别适合结构功能分析和结构基因组学研究,用 NMR对蛋白质结构分析并不需要蛋白质晶体.蛋白 质数据库中有75%的NMR结构没有相应的品体结 构,这些蛋白质中有许多不能提供衍射质量的晶体 (diffractionqualitycrysta1).然而,NMR研究可以在 水溶液中进行,在这种水溶液中,蛋白质可以行使正 常功能.这个特点允许比较蛋白质行使正常功能的 收稿日期:2006--02—15 作者简介:李宏(1963一),女,重庆市人,重庆教-g学院生命科学与化学系,副教授,主要从事微生物学研究. ? 25? 不同的微妙条件来研究蛋白质结构与功能的关系. 例如,pH滴定数据(pHtitrationdata)可以被用来测 定蛋白质中特殊的离子化基团的pKa值和检测相 应的结构与功能的关系.但是,大多数晶体结构是生 理相关的条件下测定的,在许多情况下,结品需要加 入外来溶液(exoticsolution)H]. 用NMR测定的蛋白质结构的精确度决定于可 以得到的蛋白质数据的程度和质量.最高精确度的 NMR结构的质量与2.0—2.5A.的X一射线晶体衍射 结构的精确度差不多,虽然在高分辨晶体衍射测定 的结构中,原子的位置比相应的NMR结构的精确 度要高,但是结晶过程可能在溶液条件下选择构象 异构体(conformer)的亚类(subset)….例如,高质量 的NMR结构测定的主链大分子和重原子(不包括 表面侧链)的均方根偏差(rootmeansquaredevia— tion)分别是0.3—0.6A.和0.5—0.8