基因工程 绪论PPT.ppt

生 物 信 息 学Bioinformatics ;参考文献;第一章 生物信息学通论;生命信息的组织、 传递、表达;第一节 生物信息与生物信息学;图1.1各类生物信息的同步增长状况。 图中依次为核酸序（GenBank）、 蛋白质序（PDB）、 蛋白质序列（SWISS-PROT）和文献数量增长幅度（引自NCBI，2000）。 ;二、生物信息学的概念 ; 从生物信息学研究的具体内容上看，生物信息学应包括这3个主要部分：(1)新算法和统计学方法研究；(2)各类数据的分析和解释；(3)研制有效利用和管理数据新工具。 Claverie （2000）的一段英文描述如下：“Bioinformatics is the science of using information to understand biology. It’s the discipline of obtaining information about genomic or protein sequence data. This may involve similarity searches of databases, comparing your unidentified sequence to the sequences in a database, or making predictions about the sequence based on current knowledge of similar sequences.” ;Bioinformatics; 生物信息学最初更多地是关注数据库，那些数据库存储着来自基因组测序计划完成的序列数据。目前生物信息学已今非昔比，它所关注的是各类数据，包括生物大分子的三维结构、代谢途径和基因表达等等。生物信息学最使人们感兴趣的是它利用计算方法分析生物数据，如根据核酸序列预测蛋白质序列、结构、功能的算法等。虽然这些预测还不是非常精准，但是当可靠的实验数据还无法得到的情况下，这这一预测可以作为一盏路灯，指示你应如何开展实验。 ;图1-2 生物信息学“路线图”。取自http://www.kisac.ki.se/。;生物信息学主要研究两种信息载体 ——DNA分子 ——蛋白质分子;;;; ; 生物信息学的诞生和发展最早可以追溯到上个世纪的60年代，波林(Pauling)分子进化理论的出现，已预示着生物信息学的来临。而真正意义上的“生物信息学(Bioinformatics)”一词的出现则是1990年(见：“A term coined in 1990 to define the use of computers in sequence analysis” (Claverie, 2000)，据说是由出生在马来西亚的美籍学者林华安（Hwa A. Lim）首次使用的（郝柏林和张淑誉，2002）。 ; 虽然生物信息学的历史并不长，但正象生物信息的迅猛发展一样，生物信息学已发展了大量独具学科特??的分析方法和分析软件。例如，当获得了大量序列数据以后，我们现在已能进行序列家族或同源性分析；进行序列的聚类，建立进化树并确定序列间的进化关系；进行代谢途径相关基因的同源性分析，以及获取其它生物代谢途径的相关信息等。分析软件更是层出不穷，通过网络可以搜索到大量的相关信息。这些软件很多已成为商业化产品，但很多软件是可以免费获取的。这些分析软件已成为生物信息学最重要的研究手段，是生物学家获取信息的重要途径和生物信息学显示其价值的窗口。 ; 生物信息学还有另一个经常被使用的名字：“计算生物学”(computational biology)，此外“计算分子生物学”(computational molecular biology)和“生物分子信息学”(biomolecular informatics)等也被使用过。但严格意义上说，计算生物学的范围应更宽泛些[见“Strictly speaking, bioinformatics is a subset of the large field of computational biology, the application of quantitative analytical techniques in modeling biological system.” (Gibas and Jambeck, 2001)]。 ; 正确认识和理解生物信息学这门新学科非常重要，它有助于该学科的科学研究和学习。《Bioinformatics》杂志的一篇社论文章(2000,vol 16 no.3，其翻译稿见庞洪泉和樊龙江，生物技术通报，200