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第二章 原核生物;微生物的类群（根据进化水平和各种性状）;细菌分类和鉴定;第一节 细菌分类和鉴定;一、生物的系统发育与进化计时 形态学特征分类存在的问题： 1、微生物可利用的形态特征少，很难将所有生物放在同一水平上比较。 2、形态特征在不同类群中进化速度差异很大。;16S rRNA序列 1、分布于所有的原核生物与真核生物中（18S rRNA）。 2、功能相同，序列变化缓慢。 3、大小适中，便于序列分析。;70年代后期，沃斯(Wosese 1978) 根据核糖体结构、16SrRNA的碱基序列将生物划分为3个域(domain)或原界。 ;二、细菌的分类的原则 7级分类单元 界 Kingdom 门 Phylum 纲 Class 目 Order 科 Family 属 Genus 种 Species 微生物种下单位-------------------------------- 亚种 subspecies，subsp. 变种 variety，var. 致病变种 pathovar，pv.;种是分类的基本单位，是由一群具有高度表型相似的个体组成，和其它类群又有明显的差别 亚种（subspecies, subsp.）：指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，例： 蜡状芽胞杆菌的蕈状亚种： Bacillus cereus subsp. mycoides ;型（form或type）：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可细分不同的型，如：依据抗原特征的不同可分为不同的血清型 变种（Variety, Var.）：现不正式使用 枯草芽胞杆菌墨色变种：Bacillus subtilis var. niger ;三、命名原则 （一）双名法 依照国际命名法则，采用瑞典科学家林奈（Carl von Linne）在1753年提出的双名法： 学名=属名+种加词+（首次定名人）+现名定名人+现名定名年份; 学名：属名+种名加词（斜体表示） 属名：拉丁文或希腊文，名词，单数，第一个字母大写，描述微生物的一般的和主要的特征 种名加词：拉丁文或希腊文，形容词，字母小写, 描述该菌具体的、次要的特征, 并在学名之后写出命名人的姓氏 ; 例1.大肠埃希氏菌（简称“大肠杆菌） Escherichia coli （Migula） Castellani et Chalmers 例2.枯草芽孢杆菌 Bacillu subtilis（Ehrenberg） Cohn 1872;（二）三名法;如果泛指某一属的微生物，或某菌种，知其属但种名未定，可用“sp” “spp”作加词 如 Bacillus sp：一个尚未定名的芽胞杆菌 Bacillus spp：泛指芽胞杆菌属的菌种 ;同一菌种在一篇文章中首次出现时写全称，第二次出现时，属名可缩写： Escherichia coli 缩写为E. coli; 当某一菌株被鉴定为一个新种或新的亚种时，该菌株就应指定为该种或该亚种的模式菌株；如果有几个菌株同时被鉴定为一个新种，同指定其中一个具代表性的菌株用为模式菌株;四、原核生物的分类方法 概念： ;分类的依据 1、以表现型特征为依据的传统分类 2、以遗传型为依据的分子分类 3、综合表现型和遗传型的多相分类 ;（一）经典方法;细菌的形状; ;细菌的大小;细菌的排列方式 球菌细胞分裂后常呈一定的空间排列形式，这些排列方式在分类上有一定的意义，根据细胞分裂后细胞的排列方式球菌又分为： ;单球菌;细胞分裂后的排方式不同; ;;螺旋菌;细菌的群体形态;菌落（colony）：在固体培养基上，由一个或少数几个细菌繁殖的后代集聚在一起形成的形态;;菌落形态可作为分类鉴定的依据，包括：形态、大小、隆起度、边缘、颜色、粘度、透明度等;菌苔(lawn)：大量微生物接种在固体培养基上繁殖的后代集聚在一起形成的形态;表面菌落：生长在固体培养基表面的菌落 深层菌落：生长在固体培养基底部的菌落 明胶、琼脂穿刺培养形成的液化区、生长区的群体形态，