东南大学chapter1-引论PPT.ppt

生物信息学;参考文献;网上资源;第一章生物信息学引论;简介 ;1、 生物信息学概念 ;概念（广义）;概念（狭义）;Bioinformatics;2、生物分子信息 ; 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 ;Date;Protein Machines ;From the Cell to Protein Machines ;生物分子至少携带着三种信息 遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息;(1)遗传信息的载体——DNA;DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过 程中传递遗传信息 ;基因的DNA序列;(2)蛋白质的结构决定其功能;(3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息;生 物 分 子 信 息;?;第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。;生物分子信息的特征;3、生物信息学的目标和任务 ;?;分子生物学的三大核心数据库 ;数据源;生物信息学研究意义;主要研究内容;第二节 生物信息学的发展历史;20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端 20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列著 名的序列比较方法和生物信息分析方法 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机 构和生物信息数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速 发展;关于生物信息学发展历程中的重要大事， 请参见下面两个网站的介绍： /Education /BLASTinfo/milestones.html、 /bioinformatics/。;生物信息学国内外发展现状;第三节 人类基因组计划和基因组信息学 ;基因组 ——一个物种中所有基因的整体组成;人类基因组构成——24条染色体和线粒体;人类基因组计划的具体任务可以概括为建立四张图谱 ;Date;遗传图谱（genetic map）又称连锁图谱(linkage map)，它是以具有遗传多态性（在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%）的遗传标记为“路标”，以遗传学距离（在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1cM）为图距的基因组图。遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件。;遗传连锁图：通过计算连锁的遗传标志之间的重组频率，确定它们的相对距离，一般用厘摩（cM，即每次减数分裂的重组 频率为1%） 表示。;物理图谱;1998 年完成了具有52,000个序列标签位点(STS)，并覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。;序列图谱;大规模基因组测序;大规模测序基本策略;运用计算机软件进行序列拼接;Francis Collins VS. J.Craig Venter;转录图谱 ;通过定位克隆技术寻找疾病基因的过程 ;基因识别 ;模式生物;人类基因组计划的实现对医学事 业的影响 ;基因变异与疾病;基因组多态性;Date;人类基因组计划的实施意义 ;5、我国对人类基因组计划的贡献;又一次成功！ ——水稻基因研究;2、人类基因组计划给生物信息学提出挑战;Date;功能基因组学 ;功能基因组学的研究内容;人类基因组与其它生物基因组比较;例：人与鼠染色体的差别;;生物信息学与新药研制;生物信息学与疾病检测;第四节 蛋白质结构与功能关系的研究 ;基因组计划的不断推进，其结果不仅导致DNA序列数据的迅速增长，也导致蛋白质序列数据的迅速增长。 生物信息学在蛋白组学研究中的主要任务是产生和分析蛋白质的结构，并将结构知识应用于生物学、医学、药学等生命科学领域。 蛋白质空间结构预测。 蛋白质结构是合理药物分子设计的基础。 蛋白质结构是蛋白质工程的基础。;基于生物信息学的新药设计;生物信息学;第五节 目前生物信息学主要研究内容;基因组 数据库 ;2、 数据库搜索及序列比较 ;发现同源分子;3、 基因组序列分析 ;4、基因表达数据的分析与处理;基因芯片;Date;Date;;二维电泳图;5、蛋白质结构预测 ;二级结构预测;空间结构预测;第六节 生物信息学所用的方法和技术 ;1、数学统计方法;2、动态规划方法;3、机器学习与模式识别技术;;4、数据库技术及数据挖掘;5、人工神经网络技术; ;6、专家系统;知识库 ;7、分子模型化技术;Date;8、量子力学和分子力学计算 ;9、生物分子的计算机模拟 ; ;10、因特网（Internet）技术;The end