分子生物学第二章PPT.ppt

斑点杂交 酵母芯片 PCR：变性－退火－延伸 （四） 双螺旋结构的基本形式 DNA的分子构型 ( B, Z, A ) 比较 Form B Z A Helix Direction Right Left Right bp/circle 10 12 10.7 Distance/bp ~0.34nm ~0.38nm ~0.25nm Distance/helix 3.4nm 4.46nm 2.8nm Diameter/helix 2.0 nm 1.8nm 1.9nm Sequence Any Poly G-C Any Poly C-A Poly T-G Poly T-A 在相对湿度75％以下获得的DNA纤维具有不同与B-DNA的结构特点，称为A构象。DNA-RNA杂交分子和RNA-RNA双链结构均采取A构象。 Z-DNA的形成是DNA单链上出现嘌呤和嘧啶交替排列所造成的，比如CGCGCGCG或CACACACACA。Z-DNA的出现在热力学上是不利的，因此Z-DNA会在DNA链上形成一个局部的不稳定区，成为潜在的解链位点。而解链是复制和转录的中心环节，因此Z-DNA与基因调节有关。 B-DNA是活性最高的DNA构象，B-DNA和Z-DNA之间的变构是转录调节的一种模式。 首次揭示Z-DNA分子的生物功能，科学家怀疑这个Z-DNA分子根本就是细胞自己产生的突变剂(mutagen) Proc. Natl. Acad. Sci. USA,2006 在活的生物体内，不论是DNA的二级结构还是高级结构，都存在一个动力学的平衡。 目前已知DNA双螺旋结构可分为A、B、C、D及Z型等数种，除Z型为左手双螺旋外，其余均为右手双螺旋。 Z-DNA B-DNA 四 二级结构的其他形式 （一）单链核酸形成的二级结构 RNA是主要的单链核酸，RNA分子内部存在部分序列之间的碱基配对，核酸链自身回折配对产生反向平行的双螺旋结构，叫发夹结构（hairpin）。发夹结构由碱基配对的双螺旋区—茎和末端不配对的环构成。 （二）反向重复序列（inverted repeats ），又称回文序列（palindrome ） 较短的回文结构可能是作为一种信号，如限制性内切酶的识别位点。另外，转录作用的终止与回文结构也有关系。反向重复可形成单链或双链形式的二级结构。 （三）端粒DNA四链结构：鸟嘌呤四聚体 （四）三螺旋DNA 五、 DNA超螺旋和拓扑异构现象 绝大多数原核生物都是共价封闭环（covalently closed circle）,简称CCC分子。这种双螺旋环状分子再度螺旋化成为超螺旋结构（superhelix或supercoil）。 超螺旋结构是DNA高级结构的主要形式。超螺旋是有方向的，有正超螺旋和负超螺旋两种。 DNA的超螺旋结构 超 螺 旋 形 成 示 意 末端固定的线型双螺旋 额外的张力不能释放 双螺旋以扭曲方式缓 解应力，形成超螺旋 原核生物DNA的三级结构 绝大多数原核生物的DNA都是共价封闭的环状双螺旋。如果再进一步盘绕则形成麻花状的超螺旋结构。 所有的DNA超螺旋都是由DNA拓扑异构酶（topoisomerase）产生的。 DNA拓扑异构酶催化反应的本质是先切断DNA的磷酸二酯键，改变DNA的链环数之后再连接之，兼具DNA内切酶和DNA连接酶的功能。 Top I (swivelase, niking-closing enzyme) Breakage rejoining of