有关演化与分类工具之应用.ppt

第九章 有關演化與分類工具之應用 依照演化歷史將各物種關係表示出來是生物分類的重要依據 過去多以化石資料作分析，但化石不夠完全 因此生物學家以基因比較建立演化關係 突變（重複、刪除、移位）為基因改變的原因 基因型與表現型： ～相同性（identical）2種以上生物有某一共同特徵 ～相似性（similar） 2種以上生物對某一共同特徵相似的程度 ～同源性（homology）共同特徵由共同祖先而來 ?異源性（analogous）特徵是由於演化趨向而來，非因共同祖先 ?同源同功性（orthologous）由共同祖先來，並且共同功能也保留 ?同源異功性（paralogous）由共同祖先來，因演化使功能不同 以樹狀分佈圖來闡明不同生物之間的親緣關係 核苷酸片段 胺基酸序列 利用ClustalW分析比對序列，再以treeview軟體輸出 演化樹相關網站 Tree of Life web project： /tree/ Species2000： 演化圖譜與名稱 莫司科大學GeneBeehttp://www.genebee.msu.su/ 分枝圖- Cladograms; 譜系圖-Phylograms 分枝圖- Cladograms～branch只代表演化關係 譜系圖-Phylograms～branch長短代表演化時程 Three types of trees PhyloBLAST 此工具有較多的統計軟體可供選擇 Mobylehttp://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?form=dnadist EMBL-EBI~clustalwhttp://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html 其他分析平台 牛津大學動物系http://evolve.zoo.ox.ac.uk/Evolve/Software.html 人類演化關係相關網站/humanorigins/ha/a_tree.html 基因比較分類網站http://www2.unil.ch/comparativegenometrics/index.html 作業IX 請下載”作業9.txt”檔，找出10條同源序列，並利用GeneBee multiple alignment進行樹譜分析，需秀出比對結果、物種的差異(distance) 、樹譜等資料 利用相同的資料，以EMBL-EBI~clustalw進行分析，秀出比對結果、物種的差異(distance) 、樹譜(包括分支圖與譜系圖)等資料 Parsimony method (pars) Advantage: Do not reduce all sequence information Evaluate different tree topologies Sequences of ancestral states can be estimated from a particular tree topology. Disadvantages: Can be slow for large data sets No correction for multiple mutations Sensitive to unequal rates of evolution Only give topology but no branch length Maximum Parsimony method (MP)~ Consensus tree MP methods often produce several equally parsimonious trees, but it ‘s difficult to present all the trees. A composite tree is called consensus tree to solve this problem. Maximum likelihood method (ML) ? Provides an estimate of the probability of a given branch Advantage: Statistically well founded (branch length) Evaluate different tree topologies Use all sequence information Disadvantages: very slow (computationally intensive) * Tree topology (the branching pattern of tree):