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人类Y染色体P2和P3回文序列DNA突变规律 　　[摘要] 人类Y染色体男性特异区（MSY）的显著特征是8个巨大回文（P1-P8）序列，回文两臂具有高序列相似性（99%），它们保护了男性特异性基因的稳定进化。其中P2和P3包含显著的串联重复区，由于回文和串联重复序列复杂的序列和结构特征赋予其较高的突变率，因而引起多种男性生殖障碍疾病，然而这些巨大回文却能够稳定地遗传了几百万年，且对男性特异性基因的稳定进化有着重要意义。本文剖析了P2和P3中串联重复序列的突变规律，希望加深对男性Y染色体分子进化机制的理解，为揭示男性Y染色体的重要生物学功能提供新的思路。 　　【作者简介】刘子贤 （1982-），sancoliu@163.com， 女，河北唐山人，博士。安徽工业经济职业技术学院 讲师，研究方向：物理化学、生物信息学、理论分子生物学、高等教育研究. 　　1. 引言 　　在人类Y染色体的男性特异区（MSY区）分布有大段的重复序列，相似性≥99.9%，共占MSY区序列的1/4。这些重复序列构成8个高度对称的巨大回文序列（P1～P8），臂长从9kb到1.45Mb不等。男性的睾丸特异性基因集中分布在P1到P8回文序列两臂上，且这8个回文所包含的基因都是睾丸特异性基因，此外这些回文至少包含了7个非编码转录单元家族，均在睾丸中特异性表达[1]。这说明8个巨大回文对于保护其中的男性特异性基因具有非常重要的作用。经证实：在每一代新生男性体内，这些巨大回文序列中平均约有600个核苷发生了两臂间基因转化，而回文序列臂间高相似性提高了MSY区内部多拷贝睾丸特异性基因家族的正向选择性，从而保证了男性性别特征的稳定进化[2]。但与此同时，回文序列中的高相似性序列发生同源重组的概率较高，重组可能会导致序列缺失，导致男性生殖障碍病症。 　　本文选取了8个回文中的P2、P3回文加以研究。由于P2中2.4kb单元构成的重复区和P3中2.7kb单元构成的重复区（统称为B类重复）范围较大、保存较好，且单元长度相似，便于进行比较分析。结果显示，P2和P3重复区发生的取代突变有着不同的频率及类型，因而其中的GC含量也有着不同的变化趋向。根据已有的碱基进化理论推测，P2和P3重复序列很可能有着不同的分子进化机制。 　　2. 材料与方法 　　2.1 获得核苷酸序列数据 　　研究所用核苷酸序列均从NCBI提供人类基因组数据库下载。P2和P3 回文对应的重叠群为NT_011875.11和NT_011903.12（版本 36.3）。用Dotter程序查找序列的重复结构特征。用NCBI提供的BLAST程序查找同源序列。 　　2.2 DNA多序列比对和突变统计 　　2.3 P2和P3重复区的碱基突变受到区域周围序列的影响 　　应用CpG island searcher分析发现，在P2中有10个CpG岛，均位于P2重复区外侧，因而P2重复区GC含量明显低于其外侧序列（图1）。相反地，在P3回文中，重复区GC含量（47%）显著高于其周围紧邻DNA序列（分别长267kb和147kb，GC含量分别是38.17%和38.26%）（图2），P3重复的同源序列GC含量也明显高于其周边序列。 　　由此明显看出：虽然P2和P3重复区GC含量分别表现出上升和下降的趋势，然而相同的是，它们的GC含量均越来越接近于其周围序列。因此推测P2和P3重复序列进化很可能受到了周边紧邻DNA序列的影响。 　　3. 讨论 　　重复序列易发生重组，根据基因转化偏好理论[4]，高重组率能导致序列GC含量上升，据此推测，P2和P3重复区GC含量应该呈现升高趋势，这和P2重复区的情况一致，但却与P3重复区GC含量下降的现象矛盾。通过分析发现，P2和P3回文重复序列的GC含量都趋向接近于其周边序列的GC含量。这可以用突变偏好理论解释，理论指出，突变倾向于平衡基因组序列之间的GC含量差异[5]。 　　高重组率使串联重复区受到较强的均一化机制作用，单元彼此之间突变情况趋于一致，P3的B类重复和其多处的同源序列有着相似的突变情况，很好的证明了这个结论，这也说明回文结构对序列进化的作用力是有限的，并不能使其中序列进化均发生明显的变化。结果显示，在P2的B类重复序列的边缘，有三类重复单元与其他单元不同，其GC含量并没有明显升高的趋势，可以推测，由于巨大回文两臂易形成发夹或十字形结构，位于两臂边缘的序列更易逃脱基因转化作用，因而可能与中部序列有着不同的进化状态。 　　需要指出，在P3重复单元中G→A突变和C→T突变频率相近，其它的核苷酸取代对（例如A→C和T→G）突变频率也相近，这反映出互补DNA的序列对称性，说明本研究中所分析的重复序列的长度是足够的。 　　综上所述，不只一种动力机制影响了人类Y染色体上P2