蛋白质组学修ppt课件.pptVIP

质谱技术的基本原理是样品分子离子化后，根 据不同离子间的质荷比(ｍ/ｚ)在真空系中飞行速 度的差异来分离并确定其分子量。生物质谱仪通 常包含三个部分：离子源，质量分析器和检测器。 MALDI常用于分析蛋白质的酶切提取肽段混合物，进而获得肽质量指纹谱(PMF)，用MALDI－TOF仪器可以获得质量和精确度均佳的结果。 （1）基质辅助激光解吸附离子化质谱 （Matrix-assisted-laser-desorption-time-of-flight, MALDI-TOF/MS） 基质辅助激光解析电离飞行时间质谱仪 （2）电喷雾电离串联质谱 电喷雾电离（ESI）利用位于一根毛细管和质谱仪进口间的电势差生成离子，电喷雾电离的特点是可生成高度带电的离子而不发生碎裂，这样可将质荷比（m/z）降低到各种不同类型的质量分析仪都能检测的范围，离子的真实分子质量可根据质荷比及电荷数算出。 电喷雾电离（ESI）原理 ESI过程图解 带正电的离子 溶剂从液滴上蒸发 最初的液滴 + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 质量分析器 真空 大气 约3～5kV 将肽段注入质谱仪中，蛋白质沿氨基端被打碎为几个片段。这几个片段在第一个质谱中得到分离，然后，这些片段的质量在第二个质谱中得到测定。 串联质谱（tandam MS） 所有获得的片段质量信息经过处理就形成该肽段的MS∕MS谱图，所获得的肽序列标签再在表达序列标签数据库中查找以鉴定该蛋白。 有些商品化仪器把反向液相色谱与MS相偶联，自动化LC－MS∕MS，CE－MS∕MS仪器可以产生几百至几千个MS∕MS谱图，这样就有可能分析那些高度复杂复合物。 （3）与质谱（mass spectrometry）相关的技术 肽质量指纹图谱法（peptide mass fingerprint，PMF） 肽片段（peptide fragment）的部分测序 氨基酸组分分析 微量测序 肽质量指纹图谱法（peptide mass fingerprint，PMF） 未知蛋白胰酶切质量谱图及标准蛋白图谱 氨基酸组分分析系统 大量数据库将支持基因组学及蛋白质组学的发展。 目前，主要数据库有蛋白质序列数据库（如SWISS－PROT）、核酸序列数据库（如GenBank）、二维凝胶数据库（如SWISS-2DPAGE）、翻译后修饰数据库（如-O-GLYCBASE）、代谢数据库等。 3.3 生物信息学(bioinformatics) 4.1表达蛋白质组学 该方法具有能够确定蛋白质量和检测到转录后修饰的优点。可以获得某种条件下的样品的蛋白质表达图谱，这样就能够进行比较蛋白质分析，从而在分子水平上阐明一些疾病发病机理，有利于疾病的诊断及治疗。 比较双向电泳表达图谱与相应的分化基因信息数据库的研究表明：mRNA及其相应蛋白质不一定存在相关性，如mRNA与其翻译的蛋白质并不是1 ：1的关系。 第四节 蛋白质组学研究前景 人类4万个基因只有不到1000个主要疾病的药物靶标，找到这些有用的靶标是一个很大的挑战。 通过与之相关连的蛋白质、细胞定位和在刺激物诱导下的变化情况来推断一种蛋白的功能。 通过对蛋白质复合物的纯化和质谱鉴定直接测定蛋白质－蛋白质相互作用。这一方法已经被证实在发现新的信号分子复合物的组分过程中具有很重要的价值。 4.2? 蛋白质－蛋白质相互作用研究 蛋白质相互作用研究策略和方法 1.生化方法 蛋白质亲和层析 亲和印迹 免疫共沉淀 化学交联法 荧光共振能量转移法（FRET） 生物传感器技术（BIA） 2.分子生物学方法 酵母双杂法 噬菌体展示　　　 用亲和纯化、亚细胞分离及质谱鉴定可对蛋白质进行测序，再加以基因标签的系统使用，能够得到许多蛋白质复合物及其各种蛋白质的细胞定位的图谱。 对不同细胞类型及在不同环境下的细胞蛋白质组进行分析，可以画出一个细胞的蛋白质的分布图谱，通过对细胞的蛋白质分布图谱的了解，有助于阐明生命活动规律及检测药物靶标的有效性，促进药物基因组学的发展。 4.3? 细胞图谱蛋白质组学（cell-mapping proteomics） 总之： 蛋白质组学主要有两个研究策略： “竭泽法”：即采用高能量的蛋白质组研究技术分析生物体内尽可能多乃至接近所有的蛋白质。 “功能法”：即研究不同时期细胞蛋白质组成的变化，如蛋白质在不同环境下的差异表达，以发现有差异的蛋白质种类为主要目标。 蛋白质组学的应用与发展趋势 随着整合样品处理、分级分离、质谱鉴定以及数据分析软件平台为一体的蛋白组学研究系统的不断推陈出新，以及适于大规模蛋白质组学数据分析的生物信息学平台的建立，蛋白组学己经成为生命科学研究中