二倍体花热激转录因子HSFs家族全基因组生物信息学分析.docVIP

二倍体棉花热激转录因子HSFs家族全基因组生物信息学分析 　　摘要：热激因子（heat shock factors，HSFs）是生物体内调节热激应答的一类转录因子，在热胁迫信号转导和耐热性的产生过程中发挥了重要的作用。从已释放的二倍体亚洲棉和雷蒙德氏棉全基因组测序结果中分别鉴定到42个和40个HSFs蛋白家族成员，运用生物信息学分析其序列特征、亚细胞定位、聚类分析和保守基序等。结果表明，亚洲棉HSFs蛋白长度116～526个氨基酸，分子量13 748.4～60 028.2 u，等电点4.40～8.75；雷蒙德氏棉HSFs蛋白长度为190～528个氨基酸，分子量21 993.0～60 413.6 u，等电点4.36～9.50。染色体定位显示二倍体棉花中的HSFs基因不均匀分布在13条染色体上；聚类分析表明，HSFs蛋白序列分为A、B、C 3类，每一亚类中二倍体棉花与拟南芥的蛋白具有较高的同源性，趋向于聚集在一起，且每个亚组具有相同或相似的保守基序类型及排列顺序。 中国论文网 /1/viewhtm　　关键词：二倍体棉花；热激转录因子；全基因组；生物信息学 　　中图分类号： Q755 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2017）20-0035-08 　　热激因子（heat shock factors，HSFs）是生物体内调节热激应答的一类转录因子，在热胁迫信号转导和耐热性的产生过程中发挥了重要的作用[1-2]。1988年，HSFs基因首先在酵母中发现[3]，植物中的HSFs基因最先在番茄中克隆获得[4]。典型的热激转录因子一般包括4个部分：N端的DNA结合域（DNA binding domain，DBD）、寡聚化结构域（HR-A/B）、细胞核定位信号（Nuclear localization signal，NLS）、细胞核输出信号（Nuclear export signal，NES），少数还具有一个C端激活域（Cterminal activation domain，CTAD）[5]。位于HSFs基因N端的DBD中含有一个螺旋-转角-螺旋的疏水结构，能特异地结合热激元件（heat stress element，HSE），诱导下游热激蛋白表达[6-7]。HR-A/B含有2个疏水七肽重复区域A和B，通过形成卷曲螺旋结构促使HSFs形成同源三聚体，根据保守DBD和HR-A/B区的结构特点，热激转录因子又可以分为A、B、C 3类[8-9]，在A 类、C类基因中，HR-A/B中A、B结构域之间分别有21个和7个氨基酸插入；在B类基因中，无氨基酸残基插入[6，10]。NLS和NES含有一簇碱性氨基酸残基，与HSFs蛋白家族的亚细胞定位相关[11-12]。CTAD以芳族的、大的疏水的及酸性的氨基酸（AHA）基元为特征，在A类基因中含特有激活HSFs功能的AHA基元[6]。 　　棉花是喜温植物，适当高温可加快棉株生长发育，但长时间的高温严重影响花粉发育、授粉和受精，对棉花产量和品质产生不利的影响。随着全球气候的变暖，棉花的耐高温育种显得尤其重要。本研究利用已释放的二倍体亚洲棉和雷蒙德氏棉全基因组测序结果[13-14]，通过生物信息学技术扫描全基因组HSFs，进一步分析其进化关系、亚细胞定位、理化性质预测和保守基序等，为下一步的选育耐高温新品种提供理论基础。 　　1 材料与方法 　　1.1 全基因组检索HSF基因 　　HSF基因的结构域信息（PF00447）下载自Pfam数据库[15]，利用软件HMMER3.1b2[16]在Cottongen（https：///）数据库中检索二倍体亚洲棉和雷蒙德氏棉HSFs基因家族氨基酸序列，经Smart网站[17]（http：//smart.embl-heidelberg.de/smart/set_mode.cgi？NORMAL=1）进一步结构域预测确认。 　　拟南芥HSF基因家族氨基酸序列来自PlantTFDB（http：///）数据库[18]。 　　1.2 理化性质预测 　　通过ExPASy网站中的程序Protparam（http：///protparam/）对HSFs蛋白家族蛋白分子量、等电点等基本理化性质进行预测分析。 　　1.3 亚细胞定位 　　利用在线软件WOLF PSORT（http：///wolf-psort.html），以及在线网站Soft Berry（http：///berry.phtml）中的PROTCOMP 程序共同对HSFs蛋白家族进行亚细胞定位预测分析。 　　1.4 聚类分析 　　利用生物信息学软件MEGA5.2对鉴定的二倍体棉花中的HSFs蛋白家族和拟南芥中的HSFs蛋白家族进行多重序列比对，采用邻接法构建系统发育树，进行1 000次重复。 　　1.5