口腔鳞状细胞癌组织中差异微小RNAmRNA表达谱对接研究.docVIP

口腔鳞状细胞癌组织中差异微小RNAmRNA表达谱对接研究 　　[摘要] 目的 构建分析口腔鳞状细胞癌（OSCC）中差异表达的微小RNA（miRNA）和mRNA表达谱，初步预测与OSCC发生和发展相关的miRNA和mRNA。方法 运用高通量深度测序技术构建miRNA和mRNA表达谱，通过Gene Ontology功能显著性富集分析预测与OSCC细胞周期、增殖、分化和凋亡相关的miRNA和mRNA。结果 共发现77个miRNA和1 298个mRNA显著性差异表达，富集分析显示与OSCC细胞周期、增殖、分化和凋亡相关的miRNA共73个，且一个miRNA可调控多个mRNA。结论 OSCC中差异表达的miRNA和mRNA对OSCC的发生和发展有潜在的作用。 　　[关键词] 口腔鳞状细胞癌； 微小RNA； mRNA； 高通量测序 　　[中图分类号] R 739.8 [文献标志码] A [doi] 10.7518/hxkq.2014.04.019 　　口腔鳞状细胞癌（oral squamous cell carcino-mas，OSCC）是头颈部恶性肿瘤中发病率最高的恶性肿瘤，其易发生细胞侵袭和转移，患者预后较差，术后5年的存活率低于50%[1]。研究[2]发现：OSCC的发生和发展受基因水平的调控，基因表达受DNA水平、转录水平、转录后水平及蛋白水平等多层面调控，过程复杂。近年来，微小RNA（microRNAs，miRNA）在转录后水平对基因表达的精细调控备受关注。大量研究[3-4]表明miRNA既可作为原癌基因参与恶性肿瘤的发生和发展过程，又可作为抑癌基因参与抑制恶性肿瘤的形成，其在肿瘤细胞的增殖、分化、凋亡及机体发育、代谢等基本生命活动过程中发挥重要作用，并可以作为OSCC早期诊断和治疗的生物标志物[5]。 　　据估计，人类基因组中miRNA的种类约有1 000多种，其在基因转录后通过抑制靶mRNA的翻译或降解mRNA调控近30%的人类基因[6]。因此，了解OSCC发生和发展相关的遗传过程及参与的生物学通路，为疾病的分级、早期诊断及治疗提供重要的信息，对新药的开发也有很大帮助[7-8]。因此，OSCC中差异miRNA/mRNA表达谱的对接研究显得尤为重要。 　　1 材料和方法 　　1.1 组织样本 　　选取10对冻存OSCC组织和配对癌旁正常组织作为研究对象，样本来源于2011年11月―2012年2月期间在江苏省口腔医院颌面外科接受手术治疗的OSCC患者，术前已经专业病理人员确诊为OSCC，且所有患者并未接受过任何放化疗或其他抗癌治疗，并获得每位患者书面同意。癌旁正常组织定义为病灶周围病理检查未见OSCC细胞的组织。样本经手术切除后立即于-80 ℃冻存收集。 　　1.2 构建差异miRNA表达谱 　　从OSCC样本和配对癌旁的样本中分别提取总RNA，回收18～30 nt大小的片段，通过逆转录聚合酶链反应（reverse transcription-polymerase chain reac-tion，RT-PCR）构建两组样本的cDNA文库。运用Illumina HiSeq 2000第二代高通量测序技术对两组样本的miRNA进行测序，通过去接头、去低质量、去污染等过程完成数据的处理，得到最终数据。参照miRNA数据库，比对已知miRNA，构建OSCC组织和配对癌旁组织的miRNA表达谱。将两个样本的miRNA表达量归一化到同一个量级，然后使用标准化后的结果比较分析两组样本中显著差异表达的miRNA，显著差异表达的miRNA定义为Fold-change（log2鳞癌/癌旁）1或者Fold-change（log2鳞癌/癌旁） 　　2.2 OSCC和癌旁组织中差异mRNA表达谱 　　在OSCC组织和癌旁组织中共发现1 298个mRNA差异表达，根据筛选标准，发现1 120个mRNA显著性上调，178个mRNA显著性下调。上调表达最显著的10个mRNA分别为MAGE-A11、PHACTR3、COL10A1、PPAPDC1A、EMR1、FAM132A、CHRNA1、LRRC17、ODZ3、BAALC，Fold-change（log2鳞癌/癌旁）分别为10.252 66、9.930 73、9.837 62、9.738 09、9.686 50、9.686 50、9.686 50、9.631 17、9.455 32、9.324 18；下调表达最显著的10个mRNA分别为TCHH、SYTL4、EPHX3、KRT33B、CTTNBP2、ESYT3、NCRNA- 　　00162、SYTL5、CACNB4、CRTAC1，Fold-change（log2鳞癌/癌旁）分别-10.759 88、-9.607 33、-9.377 21、-8.939 57、-