结构基因组学课件-讲授.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * 通过鸟枪法拼接序列 最直接的序列拼接法就是将单个测序实验中得到的短序列通过简单地检查重叠区而直接叠加成主要序列，这被称为鸟枪法。这种方法不需要事先了解基因组成的信息，因此可以在没有遗传或物理图谱的情况下进行。 * 鸟枪法的局限： 对于结构复杂的大基因组而言，鸟枪法的序列组装的起始阶段工作量非常大。首先需要对小片段进行序列分析，找出重叠群，需要分析的小片段的数量太大，达到现有计算机能力的极限。此外，基因组中普遍存在的重复序列是十分棘手的问题，在序列组装时可能出现错误连接，使某些片段从原位置跳到另一无关位置。因此，对于缺少重复顺序的小基因组（5Mb）而言，鸟枪法仍为最佳的选择，但对于大基因组而言，还需要更加有效的策略。 * 重叠群法或图位法： 实践证明，在5Mb的范围内，用鸟枪法进行测序组装可以获得较好的效果。因此，对于大基因组而言，可以先将基因组DNA分解为若干个较大的DNA片段，构建基因组文库。每个大片段克隆可以独立进行鸟枪法测序，亦可以组建重叠群后进行鸟枪法测序。因此称为克隆重叠群测序法。 更理想的是，重叠群经分子标记定位于遗传图谱或物理图谱上，并利用分子标记验证顺序组装的结果。因此，该方法又称为图位法。 限定测序与序列组装 * 限定测序与序列组装 一些已绘制了遗传图与物理图的微生物基因组测序中也采用这一方法