腈基类化合物对半胱氨酸蛋白酶抑制机理.docVIP

腈基类化合物对半胱氨酸蛋白酶抑制机理 　　摘 要：半胱氨酸蛋白酶是人体自身产生的重要酶类物质，它广泛的参与人体新陈代谢和蛋白的水解。但过量产生的半胱氨酸蛋白酶会导致骨质疏松和乳腺癌。腈基类化合物分子是一种新发现的具有抑制半胱氨酸蛋白酶作用的靶向药物分子，高效且低副作用。但是它的抑制机理一直没有得到解决。本文介绍借助量子力学/分子力学（QM/MM）的计算研究，解得了此类化合物对于半胱氨酸蛋白酶的抑制机理，并借助分子学软件设计了一种新型药物分子，有助进一步药物研究。 　　关键词：半胱氨酸蛋白酶 组织蛋白酶K 量子力学/分子力学（QM/MM） 　　中图分类号：R969.1 文献标识码：A 文章编号：1674-098X（2014）04（b）-0097-04 　　The Mechanism of Inhibition of Cysteine Protease 　　ZHAO Yunfei 　　（School of Life Science， Tsinghua University， Beijing） 　　Abstract： Cysteine protease is a vital enzyme for human metabolism and involved in a proteolysis reaction in human body. However， over-expressed cysteine proteases can cause serious diseases such as osteoporosis and breast cancer. Nitrile-based inhibitors are newly-discovered substrates as well as drugs which can inhibit cysteine proteases with high efficiency and low side-effects. However， the mechanism of inhibition remains unknown. This paper illustrates a novel computational calculation performed by quantum mechanics/molecular mechanics （QM/MM） to resolve this mechanism. We find a stepwise mechanism whereby the deprotonated anionic sulfur atom from cysteine of the active site of Cathepsin K attacks a nitrile containing substrate to form an intermediate structure， followed by a deprotonation reaction to form a lower energy product state structure， and therefore， this mechanism of inhibition of cysteine protease has been resolved. 　　Keywords： Cysteine protease Cathepsin K quantum mechanics/molecular mechanics （QM/MM） 　　1 概况 　　半胱氨酸酶作为六大酶类之一，广泛存在于各种生物有机体内，如病毒、细菌、原生动物、植物和哺乳动物[1]，主要参与人体新陈代谢和蛋白质的水解。近年来，人类成功的从植物中提取出半胱氨酸酶作为药物治疗肠内蠕虫的感染[2]。它对结籽期内植物的生长和人类骨骼的发育起着至关重要的作用。 　　半胱氨酸酶的蛋白质水解途径如图1所示。它的催化位点由一个带硫基的半胱氨酸基团和一个组氨酸基团组成[3]。尽管蛋白质的水解过程是不可逆的，但在一些特定的条件下，蛋白质会通过一系列转录后的修饰，使得原先的不可逆变成可逆。 　　组织蛋白酶是半胱氨酸酶家族中的一类，可细分成组织蛋白酶B、C、F、H、K、L1、O、S、W和Z。组织蛋白酶K将作为半胱氨酸酸酶的代表被本文所研究，因为其主要参与了人体的骨吸收作用[4]并首次发现于兔子的破骨细胞中，且同样大量产生于人体的破骨细胞。过程如图2所示。 　　组织蛋白酶K的功能在于通过水解人体胶原蛋白和弹性蛋白达到骨质破坏的作用，此功能在人体骨骼生长时起着至关重要的作用。组织蛋白酶K的缺失会导致骨质的脆性增大，病人容易患致密性成骨不全症[5]。相反，过量的产生组织蛋