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微生物在林业、农业的应用腐熟与增加肥料菌根菌增强植物抗旱能力以及营养物质的吸收防治农林害虫发酵粗饲料产生植物生长的刺激素（如赤霉素）作为食用菌与药用菌微生物细菌古菌真核生物中的部分真菌霉菌酵母菌单细胞藻类原生动物非细胞生物（病毒）生态系统生态系统（ecosystem）是生物群落与其生存环境组成的整体系统。在一定空间上生物成分与非生物成分通过物质循环与能量流动相互作用、相互依存而形成的一个生态学功能单位。生态系统的组成生物成分：生产者、消费者、分解者生产者 生产者主要为绿色植物与光微生物。它们依靠体内的光合色素将太阳能转换为化学能，将水、二氧化碳以及无机盐类，组成自己的躯体。消费者 消费者主要是各类动物和某些寄生菌类。动物靠有机物为生，通过其生命活动，将有机物转换为其他形式的有机物。寄生者是特殊的消费者，他们依寄主而分为不同的营养级。分解者 分解者主要为异养型样性微生物。他们利用动植物残体和其他有机物，将其矿化分解，使物质以最简单的无机物状态释放，归于环境中。非生物成分：阳光、空气、水、土壤、温度、湿度等微生物生态学研究微生物与其周围生物以及非生物环境之间相互关系。根圈微生物对植物的影响改善植物的营养根圈微生物旺盛的代谢作用和所产生的酶类，加强了有机物质的分解，促进了营养物质的转化，提高了土壤中磷素与其他矿质养料的可给性 。如固氮螺菌的固氮作用，可增加植物的氮素营养。根圈微生物分泌的维生素、氨基酸、生长激素等生长调节物质能促进植物的生长根圈微生物分泌的抗菌素类物质，有利于作物避免土著性病原菌的侵染拮抗微生物产生的抗菌类物质分泌至植物根部周围被植物吸收之后，还可以增强植物对某些病原菌的抵抗力。产生铁载体，这是一些植物促长细菌的重要功能之一根圈微生物对植物生长的不利影响引起作物病害由于某些寄主植物对病原菌的选择性，致使一些病原菌在相应的根圈大量繁殖，从而加重病害。产生有毒物质某些有毒微生物虽然无致病性，但他们产生的有毒物质能够抑制种子的发芽、幼苗的生长和根系的发育。竞争有限养分植物和微生物的生长都需要养分，因此在根圈内存在植物和微生物之间的养分竞争作用，尤其在养分不足时，矛盾尤为突出。微生物在物质循环（地球化学循环）中起着重要作用碳素生物循环微生物分解动植物死体，合成有机物质。纤维素与半纤维素的分解：比较广泛的如真菌木霉菌属纤维素酶系果胶物质的分解：青霉、曲霉、木霉、根霉等木质素的分解：如白腐真菌和褐腐真菌等脂类的分解：分解脂肪的微生物一般都具有脂肪酶在氮素生物循环中担任重要角色氨化作用：有机态氮被微生物分解释放出铵含氮有机物质的分解：分解蛋白质产氨的有细菌、真菌、放线菌；分解几丁质的如嗜几丁质杆菌，几丁质紫色杆菌，一些放线菌硝化作用硝化细菌及其对氨的氧化：亚硝酸细菌、硝酸细菌异养硝化作用：产碱杆菌、节杆菌和某些放线菌，真菌中的曲霉等硝酸盐的还原与反硝化作用一些有机营养菌和化能无机营养型菌，光能营养菌和混合型菌如：假细胞菌属、产碱杆菌属、硫杆菌属、红假细胞菌属、布兰汉氏菌属等生物固氮作用固氮微生物：一些细菌和古菌在硫、磷等元素的的循环与转化方面起重要作用硫循环中的藻类和盐沼植物化能自养中的硫细菌参与无机硫化物和单质硫氧化的微生物：硫化细菌丝状硫细菌绿硫细菌与紫硫细菌群硫酸盐的还原中有一些硫酸还原细菌加强土壤循环与增加土壤肥力一些微生物有利于无机磷的溶解微生物和植物根中产生的有机酸结合通过对钙、铁、铝的螯合作用减少固结磷酸的阳离子菌根真菌在土壤磷的转移中起着重要作用微生物和植物的共生根瘤菌和豆科植物的共生（固氮作用有利于植物生长）根瘤菌与榆科植物的共生体系弗兰克氏菌和植物共生体系蓝细菌和植物的共生体系真菌和植物的共生体系一些多形成于乔木和灌木上的外生菌根有利于树木的生长发育，如担子菌，专性宿主真菌丛枝菌根真菌：球菌霉目的一些菌类植物内微生物（互利共生、偏利共生）内生真菌内生细菌 土壤杆菌的细菌能够导致植物肿瘤（寄生关系）微生物在森林生态系统中的作用土壤微生物是土壤的重要组成部分,是生态系统的分解者,它积极参与森林生态系统中物质循环和能量流动,在维持生态系统的结构与功能方面起着十分重要的作用.土壤微生物生物量(C)虽然只占总有机碳的1%～3%,但这一部分有机碳却影响着所有进入土壤的有机质的转化,成为土壤组成的“精华”部分,是整个生态系统养分和能源循环的“关键”和“动力”.土壤中栖息着多种多样的微生物,具有不同的生理活性,营各式各样的生活.土壤微生物的代谢机能非常多样化,几乎能代谢生物合成的所有有机物.或者将它们矿化为二氧化碳以及氮、硫、磷等元素的无机物;或者把一种有机物变为另一种形态的有机物,例如,多糖转化为单糖,单糖转化为多糖;或者把一种无机物转化为另一种无机物,如硝化作用;或者把无机物转化为有机物,如固氮作用.土壤微生物复杂多样的代