蛋白质结构预测与分子设计-1.pptVIP

第七章 基因组分析 基因组的结构和组成决定机体生理、生化过程及遗传性状。认识基因组结构和功能，是深入学习生物学、医学、农学等学科的基础。 第七章 基因组分析 7.1 基因组学概论 基因组学是生物信息学的核心内容和基石； 研究目的：获得生物基因组DNA的全部序列结构；找出各种基因在DNA上的相对位置；揭示基因在不同发育时期的表达模式；阐明相关生物物种基因结构的进化关系。 研究内容：结构、功能和比较（基因组学）。 首要任务：绘制出不同物种的基因组图谱，并阐明图谱中DNA序列所包括的生物学意义。 7.2 结构基因组学代表基因组分析的最初阶段，实质是基因组的测序和作图。 DNA杂交的分子标记技术 RFLP、VNTR PCR扩增为基础的分子标记技术 随机引物PCR的标记技术 RAPD、AFLP 特异引物的PCR 标记技术 STS、SSR、SSCP 基于基因芯片技术分子标记技术 SNP 1）基因组的测序原理 （鸟枪法测序、克隆重叠群法测序） 2）DNA分子标记技术 3）基因组作图 4）基因组结构中的多态性 功能基因组学的研究策略和内容 功能基因组学的主要分析方法 比较基因组学的基本原理 比较基因组学的主要研究方法 模式生物基因组的比较研究 基因预测的方法 ORF的识别 CpG岛分析 基因编码区调控元件的预测 基因组的功能注释 基因预测分析的一般步骤 基因预测分析的一般步骤 7.6 应用示例 生物信息学重要研究方向 ——SARS基因组及生物信息分析 1. SARS病毒的比较基因组研究 Tree for N protein 2．治疗SARS的RNAi设计； 3．SARS蛋白的结构预测和模拟 8.1 蛋白质结构预测 8.1.1 蛋白质二级结构预测 8.1.2 蛋白质三级结构预测 8.1.3 常用蛋白质分析软件包（ExPASy）的分析示例 （一）蛋白质二级结构的预测方法 1．基于统计学的预测方法 ① Chou-Fasman法 ② GOR法 ③ 人工神经网络法 ④ 最小邻近法 2．基于实验数据的预测方法 ① Cohen方法 ② Lim方法 ③ 混合方法 3．蛋白质二级结构预测的策略 （二）蛋白质二级结构预测实例 下面以SjIR-3基因编码的蛋白为例，利用NNPREDICT蛋白质二级结构神经网络预测平台对其二级结构进行预测。SjIR-3为日本血吸虫兔感染血清筛选日本血吸虫cDNA文库而得到的一个基因，其蛋白质序列如下： MNALAAEIAKNIVLAGISSLTIIDDQQVTIEDCENNFLIPHDCLGQKRSDAAVSRTQSLNPMVKLQSSEMGDLKEKIQEHNFIILITECSSTHFKQWSTVCDIVSGIDIGTKPYVICASATGLFGFVFIDLNTHECLSEXVVLKKRSASTLPPNLLQRVNRKTFNYCRLTDSLCLIANNLKNKLHAKYIPKGYFLMQILSRCSTNEAPFTLSYL （二）蛋白质二级结构预测实例 （二）蛋白质二级结构预测实例 （二）蛋白质二级结构预测实例 （一）预测方法 1．同源模建 （一）预测方法 2．折叠识别 以结构已知的蛋白质的折叠子为模板，寻找给定氨基酸序列折叠类型的方法。目前应用的折叠识别预测蛋白质结构的主要方法大多是从Bowie等提出的三维剖面(3D-profile)方法和Jones等提出的threading方法发展而来的。 不足： ①需要已知的蛋白质结构作为模板,在找不到模板结构的情况下难以得到成功应用。 ②由于蛋白质折叠模式识别受已知蛋白质折叠种类的限制，难以发现新的折叠类型。 ③即使能够判别出一个序列与某个结构相匹配，也难以像同源建模那样给出可靠的模型，因为当序列同源性很低时，在序列与结构的联配中难以给出准确的解。 ④远缘的蛋白质序列虽然可能折叠成类似的空间结构，但并不意味着它们具有相似的生物学功能。 （一）预测方法 3．从头预测 从头预测方法从理论上讲是最为理想的方法，它不需要已知结构信息，可直接从蛋白质序列预测其空间结构，是一种理论科学与工程学相结合的方法。它主要包括： （1）分子动力学模拟 （2）二级片段堆积法 （二）蛋白质三级结构预测实例 1．蛋白质三级结构预测的工具 蛋白质三级结构预测的常用工具主要有蛋白质结构预测网络平台和工具软件，包括瑞士的SwissModel、丹麦的CPH、英国的3D-PSSM等。 （二）蛋白质三级结构预测实例 2. 蛋白质三级结构预测实例 以SjIR-3基因编码的蛋白质为例，利用SwissModel和3D-PSSM对其三级结构进行预测。其蛋白质序列如下： MNALAAEIAKNIVLAGISSLTIIDDQQVTIEDCENN