人类基因组学相关技术ppt课件.pptVIP

第十五章 人类基因组学相关技术;;基因组 genome 一个细胞所有染色体的总和。 一个物种的所有DNA分子的总和. 基因组学 genomics 阐明整个基因组的结构、结构与功能的关系以及基因之间相互作用的科学。 ;人类基因组计划（ Human Genome Project，HGP）;20世纪人类科技发展史上的三大创举 ;（一）什么是人类基因组计划;What’s HGP? “ONE BASE ONE DOLLOR!!” ——A TAXI Driver/A TAX Payer;;人类基因组计划的研究概况 1986年;1988年;1989年;1990年;1998年;2000年;二000年六月二十六日克林顿宣布 人类基因组草图绘制完成 ;2001年2月16日 人类基因组“精细图”完成，准确率由90％上升到99%。 2003年４月14日，人类基因组序列图亦称“完成图”（99.99%），提前绘制成功。 ;;2000年6月公共领域测序计划工作框架图;已经完成基因组测序的部分生物种属;第一节 人类基因组计划的主要研究内容;一、遗传图谱 genetic map;构建遗传图谱的基本原理：;理想的分子遗传标记应具备的特点;现代的DNA标记连锁图;RFLP的原理;限制性内切酶的酶切原理：;限制性酶切长度多态性(RFLP);微卫星遗传标记的原理;短串联重复序列(STR);微卫星遗传标记示意图;单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs） ;检测SNP的特异杂交 ;DNA芯片 ;二、物理图谱physical map;连续克隆系图：;大片段克隆载体;外源DNA的克隆过程;YAC的主要缺点 1．存在高比例的嵌合体，即一个YAC克隆含有两个本来不相连的独立片段；2．部分克隆子不稳定，在转代培养中可能会发生缺失或重排；3．难与酵母染色体区分开，因为YAC与酵母染色体具有相似的结构。4．操作时容易发生染色体机械切割。;以细 菌寄主系统为基础的克隆载体形成嵌合体的频率较低，转化效率高，又易于分离。科学家用染色体建造法用F质粒及其调控基因构建细菌载体，克隆大片段DNA。该质粒主要包括oriS， repE（控制F质粒复制）和parA、 parB（控制拷贝数）等成分。;三、序列图谱;人类染色体上3.16×109个bp全部顺序 策略：经庞大的DNA分子分区克隆，并赋予一定的标志（遗传图和物理图的标志），逐段进行序列分析，再将序列根据标志拼接起来获得一个完整的DNA分子的核苷酸排列顺序。 PCR技术 DNA自动测序技术 ;;全基因组鸟枪法测序的主要步骤： 第一，建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量，即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。 第二，高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序，TIGR在完成流感嗜血杆菌的基因组时，使用了14台测序仪，用三个月时间完成了必需的28,463个测序反应，测序总长度达6倍基因组。 第三，序列集合。TIGR发展了新的软件，修改了序列集合规则以最大限度地排除错误的连锁匹配。 第四，填补缺口。有两种待填补的缺口，一是没有相应模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未测序的序列缺口。他们建立了插入片段为15-20kb的λ文库以备缺口填补。 ; 用鸟枪法完成流感嗜血杆菌基因组测序 ;DNA序列测定的意义;;四、基因图谱;; ??????????????????????????????????????????????????研究人类基因组计划所从事4张图谱的常规策略 ;第二节 人类基因组计划在医学中的意义;HGP将给人类带来的好处;BRCA1基因;HGP 可能给人类带来的隐患;DNA Report;基因组相关的伦理学问题;第三节 人类基因组计划数据的利用; 美国的核酸数据库GenBank〖Banson,D.A. et al. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 1-7〗从1979年开始建设，1982年正式运行； 欧洲分子生物学实验室的EMBL数据库也于1982年开始服务； 日本于1984年开始建立国家级的核酸数据库DDBJ，并于1987年正式服务。 从那个时候以来，DNA序列的数据已经从80年代初期的百把条序列，几十万碱基上升至现在的110亿碱基！这就是说，在短短的约18年间，数据量增长了近十万倍。;计算机运算速度: 18个月增长一倍;DNA序列数据: 14个月增长一倍;;什么是生物信息学？ Genome