拓扑替康和抗病毒药物耐药性机制的研究分析-study and analysis on the mechanism of topotecan and antiviral drug resistance.docxVIP

拓扑替康和抗病毒药物耐药性机制的研究 中文摘要 拓扑替康和抗病毒药物耐药性机制的研究 中文摘要 很多药物的长期用药会出现耐药性，降低甚至丧失临床疗效。耐药性根据其 发生的原因分为天然耐药性和获得性耐药性两类，而药物靶点的突变是获得性耐 药性产生的最主要的原因之一。因此，研究药物靶点突变对蛋白结构以及药物-靶 点相互作用产生的影响，对揭示耐药性的分子机制以及设计出有效对抗耐药性的 新药有重大的指导意义。 在本论文中， 我们 首先 采用了 分 子 动 力 学 模 拟 （ Molecular Dynamics Simulations，MD）、拉伸动力学模拟（Steered Molecular Dynamics Simulations，SMD） 以及 MM/GBSA（Molecular Mechanics/Generalized Born Surface Area）结合自由能 计算计算方法研究了 DNA 拓扑异构酶 1 型（DNA Topoisomerase I）中几个重要的 耐药性突变（E418K、G503S 和 D533G）导致拓扑替康耐药性的分子机制。结果 表明 MM/GBSA 和拉伸动力学两种不同模拟技术得到的预测结果与实验数据都可 以很好的吻合。为了解释拓扑替康耐药性的机制，我们分析并比较了拓扑替康分 别与野生型和突变体受体之间的相互作用模式。结果表明，E418K、G503S 和 D533G 三种突变对拓扑替康与拓扑异构酶 1 型的结合都有非常明显的影响。其中，极性 相互作用在拓扑替康对 E418K、G503S 和 D533G 突变体产生耐药性的过程中起到 了关键性的作用。 其次，我们研究了多种抗病毒药物（包括奥司他韦，扎那米韦和帕拉米韦） 对 2009 H1N1 甲型流感病毒神经氨酸苷酶突变体 E119G 产生耐药性的分子机制。 MM/GBSA 结合自由能的预测表明，神经氨酸苷酶 E119G 的突变对研究的三种药 物都产生了不同程度的耐药性。三种药物耐药程度的排序为：扎那米韦帕拉米韦 奥司他韦，这与实验的数据完全吻合。这三种抗病毒药物的耐药性主要是由神经 氨酸苷酶与抑制剂之间不利于结合的极性相互作用的变化引起的。出乎我们预料 的是，原本能够与抑制剂形成较强氢键相互作用的 Glu119 的突变对奥司他韦和帕 拉米韦的结合能力并没有直接的影响。这种现象主要是由于配体和受体之间的极 I 中文摘要 拓扑替康和抗病毒药物耐药性机制的研究 性去溶剂化自由能的调节作用导致的，真正导致这两种药物耐药性产生的原因是 E119G 突变间接诱导了配体小分子构象的改变。而对于扎那米韦，E119G 的突变 对小分子的结合既有直接的影响又有间接的影响。 关键词：耐药性；拓扑异构酶 1 型；拓扑替康；神经氨酸酶，奥司他韦，扎 那米韦，帕拉米韦，分子动力学，MM/GBSA，拉伸动力学。 作 者：潘培辰 指导教师：侯廷军 II PAGE PAGE IV Insights into the resistance mechanisms of topotecan and antiviral drugs Abstract Insights into the resistance mechanisms of topotecan and antiviral drugs Abstract The long-term medication of many drugs often leads ultimately to their becoming drug resistant and even ineffective in clinical applications. Based on the cause of its occurrence, drug resistance could be divided into two subtypes: intrinsic resistance and acquired resistance. While mutations on the target of a drug is the main cause of acquired resistance. Therefore, understanding the impact of mutations on the structure of protein-drug complex and the interactions between drug and protein provides a valuable clue for revealing the molecular mechanism of drug resistance and designing impro