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HIV―1整合酶四聚体模建及结构基础研究 　　摘要： HIV-1整合酶（HIV-1 IN）是目前开发抗艾滋病药中最具潜力的药物靶点之一，四聚体是该蛋白发挥生物学功能的主要聚集体形式。为了得到IN四聚体与病毒DNA的复合物，并研究其运动性与生物学功能的关系，采用同源模建、结构优化及叠落等方法，在Tn5转座酶的基础上建立了IN-DNA的复合物模型，并采用高斯网络模型和各向异性网络模型研究四聚体的运动模式。Ramachandran Plot分布和Profile-3D结果验证了复合物模型的合理性。运动模式结果表明，四聚体的N-端、C-端的运动有利于螯合DNA，而核心区的稳定状态是IN发挥整合作用的前提。分子对接结果表明，IN抑制剂更偏向于结合在四聚体中间CCD与病毒DNA结合的区域。 　　关键词： HIV-1整合酶四聚?w；病毒DNA；高斯网络模型；各向异性网络模型；分子对接 　　中图分类号： R918-39 文献标志码： A 　　文章编号：1002-1302（2017）22-0032-06 　　艾滋病（acquired immune deficiency syndrome，简称AIDS）是由人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus，简称HIV）[1]感染引起的具有较强传染性的一种疾病，据世界卫生组织（world health organization，简称WHO）统计[2]，截至2014年，全球有超过3 800万人感染了艾滋病，其中受灾最严重的是非洲，平均1 000个5岁以下的儿童中有95个患有艾滋病。近年来，在亚洲，尤其是中国的艾滋病患者也越来越多了，因此研究抗艾滋病药物刻不容缓。 　　HIV-1整合酶（integrase，简称IN）是HIV病毒生命周期中不可缺少的酶之一，能够通过3′-端加工（3′-processing，简称3′-P）和链转移（strand transfer，简称ST）2步反应，将病毒DNA整合到宿主DNA上，形成新的DNA，并随着宿主DNA的复制而复制[3-5]。因此，HIV-1整合酶是开发抗艾滋病药物的重要靶点。HIV-1 IN是由288个氨基酸组成的蛋白质，折叠成3个结构域，分别是C-端结构域（C-terminal domain，简称CTD）、催化核心结构域（catalytic core domain，简称CCD）和N-端结构域（N-terminal domain，简称NTD）。其中NTD由1～45个氨基酸组成，含有1个保守的HHCC基序，该基序可以结合Zn2+离子，文献[6]显示，NTD可以与病毒DNA相互作用，但在体外分离后不能与DNA特异性结合[7]；另外，相关研究显示，NTD还具有促进IN多聚化的重要功能[8]。CCD由50～212个氨基酸组成，是IN参与催化反应的核心结构，含有聚核苷酸转移酶、核酸内切酶酶切位点，以及3个保守的氨基酸（D64、D116和E152）组成的DDE基序[9]，高度保守的DDE基序与二价金属离子结合，共同构成了CCD的活性中心。CTD由220～270个氨基酸组成，是3个结构域中最不具有保守性的[10-11]。Vink等发现，CTD可以与病毒DNA以非特异性的方式结合[12]，另外，CTD在IN与其他蛋白的相互作用中，尤其是与逆转录酶的相互作用密切相关[13-14]。 　　研究结果表明，HIV-1 IN在人体细胞中表现为稳定的四聚体，因此HIV-1 IN的四聚体结构是HIV-1 IN能完整发挥其生物学催化功能的结构单元[15]。但截至目前，全长的IN四聚体尚未被解析出来，这也极大地限制了基于IN结构的药物分子设计研究。鉴于蛋白质数据库（protein data bank，简称PDB）已经含有IN的3个区域的片段结构，可以通过多模板同源模建以及结构组装的方法获得完整的IN四聚体模型。另外，由于IN的生命周期中是与病毒DNA的结合密切相关的，但PDB库中没有IN-DNA复合物的结构，因此为了更深入地研究IN的结构与功能的关系，得到IN-DNA的复合物是十分重要的。 　　在所有与IN功能相似的蛋白质中，Tn5转座酶是相似度最好的，它与IN一样，在核心区均存在1个类似RNaseH状的折叠区域，并且同属于聚核苷酸转移酶超家族[16]。Rice等发现，Tn5转座酶与IN一样，可以通过3′-P、ST 2步反应重排转座子[9]。此外，Tn5转座酶的结构中同样含有1个保守的DDE基序，并且可以结合二价金属离子，Davies等人已用X-ray晶体衍射法解析出了Tn5转座酶与病毒DNA的复合物晶体结构。因此，本研究使用Tn5转座酶晶体结构中的病毒DNA作为模板来模建完整HIV-1 IN-病毒DNA复合物结构是合理可行的。在得到完整的IN四聚体与D