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基于SSR铁皮石斛实生群体遗传多样性研究
基于SSR铁皮石斛实生群体遗传多样性研究
摘要:铁皮石斛属于传统名贵中药,由于人们的过度采挖,其野生资源日益减少,遗传多样性遭到严重破坏,人工栽培是对石斛资源进行保护的有效措施之一。本研究采用15对SSR引物对5个实生群体的100株铁皮石斛进行了遗传多样性分析,以期检测群体之间和群体内部的遗传分化,确定纯化株系,为后期优良品种选育提供理论参考。结果表明,15个位点共检测到185个等位基因,群体B6的等位基因数目最大,为7.14个;群体B11等位基因数最少,为 5.42个;观察杂合度(Ho)最大的种群为B6(0.376),群体B10最小(0.286)。近交系数(Fis)最大值出现在群体B10中,为0.241;群体B6近交指数最小,仅为0.091。STRUCTURE遗传结构分析发现5个石斛实生群体可能来自2个同源基因库。实生群体B10遗传背景单一,可以用于后续的铁皮石斛纯化育种,群体B6具有较高的杂合度,可以用作种间杂交的良好材料,有利于种间差异性状的整合。
关键词:铁皮石斛;SSR;实生群体;遗传多样性
中图分类号: S567.23+9.03文献标志码: A文章编号:1002-1302(2016)06-0090-04
收稿日期:2015-05-02
基金项目:浙江省金华市科学技术局农业类重点项目(编号:2012-2-018)。
作者简介:韩晓霞(1993―),女,山西朔州人,硕士研究生,主要从事特色经济植物研究。E-mail163.com。
通信作者:宗宇,博士,讲师,研究方向为植物种质资源与遗传。E-mail:yzong@。铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是兰科(Orchidaceae)石斛属植物,属于传统名贵中药,由于人们的过度采挖,铁皮石斛野生资源日益减少,已近枯竭,遗传多样性遭到严重破坏。1987年铁皮石斛因数量锐减,被列入《国家重点保护野生药材物种名录》[1-2]。铁皮石斛的人工栽培是对石斛资源进行保护的有效措施之一,虽然近几年人工栽培铁皮石斛取得了较大的进展,但由于种质混杂、盲目引种等原因,致使铁皮石斛质量和产量差异较大,扰乱了消费市场,阻碍铁皮石斛产业的正常、有序发展[3-8]。因此,开展铁皮石斛种质资源和遗传多样性研究,对铁皮石斛优良品种的选育具有重要意义。
遗传多样性是生物多样性的基本组成元素,丰富的遗传多样性可以维持种群动态平衡,为物种的进化提供基本保障;评价一个物种的遗传多样性也是制定该物种科学保护策略的重要前提。前人在铁皮石斛遗传多样性研究方面取得了一定进展,沈洁等利用RAMP标记对9个野生居群的112株铁皮石斛进行了检测,结果表明,不同居群间存在丰富的遗传多样性,而且居群之间存在一定地域相关性[9]。丁鸽等采用RAPD技术对8个铁皮石斛野生居群的遗传多样性和亲缘关系进行研究,发现引物S412可以有效鉴别8个野生居群;同样发现居群的地理分布与居群间的遗传关系呈现良好的正相关性[10]。Li等利用AFLP标记对12个铁皮石斛居群的遗传多样性进行研究,发现居群间分化系数变幅为0.047~0.578,居群间的遗传变异平均值为26.97%[11],研究结果支持将这12个铁皮石斛居群分为3大类群。Ding等利用SRAP标记对铁皮石斛的9个野生种的84个植株进行研究,发现在物种水平上遗传多样性较高,而在居群水平上差异性较低[12]。Shen等利用ISSR标记技术将 8个野生铁皮石斛居群区分开来,发现了16个具有特异性标记的DNA片段[13]。谢明璐等利用开发的SSR标记成功对铁皮石斛种质进行了纯度鉴定[14]。但是基于SSR的铁皮石斛遗传多样性研究仍鲜有报道,更缺乏对人工栽培铁皮石斛实生群体的遗传多样性分析,相关研究缺失不利于铁皮石斛优良品种的选育,会造成杂交亲本的盲目选择。
核基因SSR标记在真核生物基因组中分布非常普遍,由于其丰富的多态性和共显性遗传等特征,被广泛应用于种内和种群间遗传变异的分析。本研究利用15对SSR引物对铁皮石斛不同实生群体的遗传多样性进行了分析,主要目的在于:(1)评估石斛实生群体的近交系数,确定纯化株系;(2)检测石斛实生群体之间和群体内部的遗传分化;(3)为后期人工杂交育种提供理论参考。
1材料与方法
在铁皮石斛实生苗群体中选取表观性状优良的5个群体,分别标记为B4、B6、B10、B11、B12,每个群体随机选择长势较为一致的铁皮石斛20株,单株编号分别为1~20,共100株用于遗传多样性分析。分别从100个单株上取健康幼嫩的叶片,带回实验室,置于-80 ℃的超低温冰箱中备用。
1.1DNA提取
利用优化后的CTAB法[15]进行D
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