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基于改进遗传算法DNA编码序列设计 　　【摘 要】在DNA计算中，DNA编码序列的设计是DNA计算的重要手段。在不同的DNA序列设计中，需要选择适当的约束条件，给出满足该约束条件的评估公式。本文选择海明距离和反海明距离约束条件，利用遗传算法和改进的遗传算法来设计满足这两个条件的DNA编码序列，通过结果的比较，证明了改进的遗传算法优于遗传算法。 　　【关键词】DNA计算；DNA编码；组合优化；遗传算法 　　The Design of DNA Code Sequence Based on Improved Genetic Algorithm 　　HU Juan1 LI Dong2 ZHANG Li -li3 　　（1.The Foundation department of Huainan Vocational Technical College，Huainan Anhui 232001，China； 　　2.The Electronics Set of Huainan Industrial School，Huainan Anhui 232001，China； 　　3.Dept. of Mathematics and Physics， Anhui Univ. of Science and Technology， Huainan Anhui 232001，China） 　　【Abstract】In the calculation of DNA， DNA sequence design is an important means for DNA computing. In the design of DNA sequences in different， need to choose the proper constraint conditions are satisfied， the evaluation formula of the constraint conditions. This paper chooses Hamming distance and Hamming distance constraint conditions， using genetic algorithm and improved genetic algorithm to design the DNA coding sequence satisfy these two conditions， by comparison the results， proved that genetic algorithm is better than the improved genetic algorithm 　　【Key words】DNA computing；DNA encoding；Combinational optimization；Genetic algorithm 　　0 引言 　　DNA首次用于计算是1994年Adleman用此解决了有向Hamilton路问题，从此DNA计算模型以其高度并行性和海量存储功能解决了大量NP完全问题，也使人们对DNA计算机产生了浓厚的兴趣。DNA编码序列设计问题也是该领域研究的核心问题之一，寻找到高质量DNA序列已成为DNA编码序列优化设计一个热点。 　　虽然DNA计算在许多领域都取得了巨大进展，但编码，生物技术等问题还需进一步解决。而且，目前还没有一种通用的好方法来解决编码问题。目前制约DNA编码的约束条件有两种：距离约束和热力学约束。距离约束有海明距离（HD），海明反距离（RH），海明反补距离（RC）等；热力学约束有GC含量，自由能ΔG，解链温度Tm等。 　　在本文中，我们主要选择海明距离和反海明距离这两个约束条件，首先用遗传算法获得大量的集合，满足组合约束。然后，使用改进的遗传算法来获得大量的集合，以满足组合约束。最后将这个结果与遗传算法比较，结果证明改进的遗传算法是优于基本遗传算法的。 　　1 约束条件 　　Garzon首先提出了DNA计算的编码问题的定义。即以DNA分子的四个碱基为字母表■={A，T，C，G}，设一长度为n的DNA分子的编码集合为S，有|S|=4n，则对S的子集C？哿S有： 　　？坌x■，x■∈C τ（x■，j■）≥k（1） 　　式中k∈Z■，τ为评价准则，显然，编码质量和编码数量两者是相互矛盾的。在满足一定质量的条件下，约条件束越多，就会减少DNA序列的编码数目来满足约束。 　　在本文中，我们使用海明距离，海明反距离和海明反补距离。设DNA序列的长度为n，海明距离，海明反距离和海明反补距离为d。 　　1.1 海明距离约束 　　海明距离约束：两个序列x■和x■