基于公共数据库的十足目动物DecapodaIGFTOR信号通路组成的研究与分析毕业论文.doc

毕 业 论 文 题 目: 基于公共数据库的十足目动物（Decapoda）IGF/TOR信号通路组成 的研究与分析 学生姓名： 学　　号： 系 （院）：英东生命科学学院 专　　业：生物科学 班　　级： 指导教师姓名及职称： 教授 起止时间： 2013 年 10 月—— 2014 年 5 月 基于公共数据库的十足目动物（Decapoda） IGF/TOR信号通路组成的研究与分析 摘要：利用电子克隆方法，获得编码十足目（Decapoda）凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）腺苷酸活化蛋白激酶AMPK的cDNA序列及氨基酸序列；基本理化性质、亲疏水性、信号肽、二级结构、三维空间结构、亚细胞定位等的分析可以采用生物信息学方法进行。从获得的结果可以看出其具有一段长1190 bp的cDNA序列。ORF分析发现它含有一个长度为1161 bp的开放阅读框，编码386个氨基酸。编码蛋白是不含有信号肽的表面蛋白，属于亲水性蛋白。 关键词：十足目；凡纳滨对虾； 生物信息学；电子克隆 Based on decapod public databases (Decapoda) Research and analyze the composition of the IGF / TOR signaling pathway Abstract: Using the cloning method, access coding Decapoda litopenaeus vannamei AMPK cDNA sequence and amino acid sequence. Basic physico-chemical properties, distance to water, signal peptide, secondary structure, analysis of three dimensional spatial structure, subcellular localization, and other bioinformatics methods can be used. Can be seen from the results obtained with a long 1190 bP cDNA sequences. ORF analysis found that it contains a length 1161 bP open reading frame coding 386 amino acids. Proteins are surface proteins that do not contain signal peptides, belonging to hydrophilic proteins. Key words: Decapoda Litopenaeus vannamei Bioinformatics in silicon cloning 目录 TOC \o 1-3 \h \z \u HYPERLINK \l _Toc386799104 1 前言 1 HYPERLINK \l _Toc386799106 2 材料与方法 1 HYPERLINK \l _Toc386799107 2.1生物信息学数据库和软件 1 HYPERLINK \l _Toc386799108 2.2 凡纳滨对虾AMPK基因的电子克隆技术路线 2 HYPERLINK \l _Toc386799109 2.3 凡纳滨对虾AMPK基因编码蛋白质的生物信息学分析 2 HYPERLINK \l _Toc386799110 3 结果 2 HYPERLINK \l _Toc386799111 3.1 凡纳滨对虾AMPK基因的电子克隆和开放式阅读框分析 7 HYPERLINK \l _Toc386799112 3.2 AMPK的基本理化性质 7 HYPERLINK \l _Toc386799113 3.3 AMPK的的疏水性/ 亲水性预测和分析 7 HYPERLINK \l _Toc386799114 3.4 AMPK的信号肽和跨膜区分析 8 HYPERLINK \l _Toc386799115 3.5 AMPK的亚细胞定位 8 HYPERLINK \l _Toc386799116 3.6 AMPK结构域和蛋白质功能位点预测 10 HYPERLINK \l _Toc386799117 3.7 二级结构和三级结构预测 10 HYPERLINK \l _Toc386799118 3.8