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太湖地区水稻地方品种资源品质基因及性状遗传评价 　　摘要：研究水稻地方品种基因多样性可为优质种质资源的保护和选育新的品种提供理论依据。以太湖地区511份水稻地方品种为供试材料，选用19个与淀粉合成相关的基因内分子标记对其淀粉品质基因进行检测，并与86份育成品种作比较。结果发现：地方品种粳稻的平均多态信息含量（PIC）为0.172 6，稍高于育成品种粳稻的平均PIC值0.110 1。基于各材料间的Nei氏遗传距离，按照UPGMA方法进行聚类，所有研究材料被分为6个类群。第Ⅰ类群主要是籼稻，育成品种粳稻主要集中在第Ⅱ类群和第Ⅲ类群的上半段，地方品种粳稻主要集中在第Ⅲ类群下半段、第Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ类群，二者分布在不同的区域，已出现遗传分化。分别依据国家优质米的标准，有众多太湖地区水稻地方品种属于品质性状比较优良的优质稻谷，这些品种可用于今后的品质育种。 　　关键词：太湖稻区；基因内分子标记；淀粉合成相关基因；多样性 　　中图分类号： S511.03 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2016）07-0098-06 　　我国水稻选育品种的遗传基础狭窄问题已经比较严重，育成品种遗传多样性逐渐降低，育成亲本之间遗传差异非常接近[1-5]。大量推广遗传基础狭窄的品种，会对作物生产带来潜在风险。随着育种水平的不断提高，农作物品种推广的单一化趋势日益明显，造成大量基因的遗失和遗传多样性的降低[6-8]。金伟栋等利用60对SSR引物研究了太湖地区目前推广品种的遗传差异，品种间平均相似系数达0.902，其中武运粳7号和武运粳8号都无法分辨[9]。太湖流域早在 8 000年前就已开始稻作生产[10]，主要栽培粳稻。长期的自然演化和人工选择，形成该地区类型丰富的稻种资源[11-12]，它们在表型、抗（耐）特性及品质等方面各具特色，但是迄今在育种上利用的仅限于黄壳早廿日、矮宁黄和老虎稻等几个地方品种，绝大部分资源的利用潜力没有得到挖掘。 　　随着分子生物学技术的发展，目前已定位了一些与淀粉形成或与稻米品质形成有关的基因，这些基因主要包括颗粒淀粉合成酶基因（Wx）、分支酶基因（Sbe1、Sbe3）、可溶性淀粉合成酶基因（Sss1）、异淀粉酶基因（Isa）和极限糊精酶或R酶基因（Pull）等。吴洪恺等利用Wx基因对RVA谱进行研究，发现RVA的8个特征值的表现均起主要作用，对支链淀粉合成相关基因Sbe1、Sss1均表现明显的上位效应[13]。严长杰等以53个籼粳品种和近年育成的高产水稻品种为材料，设计Wx、Sbe1、Sbe3基因的分子标记，分析3个基因位点的遗传学效应。3个基因位点不同的等位基因对稻米淀粉的合成具有不同的遗传效应，其中Wx基因的影响最重要[14]。陈峰等利用Wx、Sbe1、Sbe3标记分析3个基因对稻米理化品质和RVA谱特征的效应，不同基因型品种间淀粉的理化特性（AC、GC、RVA）存在显著或极显著差异，而3个基因的联合效应在不同基因型组合间也存在显著的差异[15]。 　　金伟栋等利用微卫星标记（simple sequence repeat，SSR），对129个太湖流域粳稻地方品种资源核心种质进行了DNA分子水平的多态性分析，结果表明，太湖流域粳稻地方品种种质不仅具有丰富的遗传变异，同时保留了大量的稀有等位变异[9]。于萍等采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析，得出太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低、稀有类型等位基因较多的结论[16]。罗兵等利用SSR引物对太湖地区的42份粳稻品种进行遗传多样性分析，42份粳稻品种间的遗传相似系数平均为0.610 0，供试材料相似度高，每个多态位点的PIC值平均为0.496 6[17]。Debjani等利用36对SNP标记12条水稻染色体，对印度东北部地区的6 984份水稻品种进行遗传多样性分析，发现多态信息含量（PIC）的变幅为0.004～0.375，基因多样性的变幅为0.006～0.500[18]。Mehrzad等利用地方品种、纯系品种、育成品种和适应于Giulan省气候环境的外国品种为供试材料，采用分布在12对染色体上的52个引物来检测94份水稻基因型的遗传多样性，发现最高的和最低的PIC值分别为0892和0.423[19]。然而这些研究工作，所选的分子标记都是随机的，与性状的表现或相应的基因没有发生联系。因此，本研究选用与水稻品质关系密切的淀粉合成基因的内部标记，检测太湖流域水稻地方品种的标记基因型，并结合品质性状的表型，进行遗传多样性分析和评价。其次，基于各材料间的Nei氏遗传距离，按照UPGMA方法对511份水稻材料和86份水稻育成品种进行聚类，揭示太湖流域水稻地方品种资源的品质基因的遗传差异。研究结果可为保护稻种基因资源的多样性，充分利用优