渤海海泥放线菌非培养多样性答辩论文.pptVIP

3.6 多样性指数分析（B37-3) 运用EstimateSWin820软件，分析B37-3位点的放线菌16srDNA基因文库，文库中96个克隆的稀有度曲线如下图。 渤海沉积物B37-3位点放线菌稀有度曲线 shanno指数为3.06。simpson指数为0.0791. 覆盖度（Coverage C）为79.16% 3.7、系统进化树分析（B37-3) 由进化树可看出参与构建树的25个克隆子中有17个克隆子（占71%）与有效发表 的 所 有 类 群 无 较 近 的 亲 缘 关 系 ， 如 克 隆 序 列24、74、91，它们以极高的自展值支持形成一个独立的大分支，极有可能代表一个新亚目或更高级分类单元的类群。 4、讨论 1、实验结果表明，渤海沉积物放线菌多样性程度非常高。但本次试验只挑选了96个克隆子，导致覆盖度比较低。想要更深入的了解渤海地区海底沉积物中放线菌多样性，需要适当增加挑取的克隆数，选取更多的克隆子进行测序分析。 2、通过对渤海两个位点B71-2、B37-3的研究分析，发现渤海沉积物中蕴含大量未培养的放线菌资源，发现渤海沉积物中含有大量未培养的放线菌新的分类单元。 3、鉴于常规培养方法得到的大多是链霉菌属，因此非常有必要设计、优化新的培养基和方法，将这些未培养放线菌资源转变为可培养资源，为我国海洋放线菌的开发利用提供一定的资源储备。 致谢 感谢李静老师的精心指导和严格要求 感谢各位老师的评阅和指正 * 能合成具有极高 医疗效用的抗生素等活性物质 * 越来越多的国内外学者投入对海洋放线菌的研究之中 * 渤海是一个近封闭的内海，地处中国大陆东部的最北端，由于大陆河川大量的淡水注入，又使渤海海水中的盐度仅为30PSU(Practical salinity unit)，是中国近海中最低的。陆域活动应当认为是造成渤海中部海区水质下降和富营养化的最终原因。 近10年来,我国渤海地区的环境污染问题正不断引起各方面的高度重视,海区及其周边区域的生态环境正面临着越来越大的压力。 * * 另外 62.5%的克隆序列以极高的自展值在放线菌门内支持形成一个独立的大分支，极有可能代表一个新亚目或更高级分类单元的类群。 * 克隆子70：经Ribosomal Database project数据库Classifier归类分析为unclassified Bateria。Blast比对表明克隆子70与Uncultured bacterium clone BotBa18（FJ748794）（来自珠江河口沉积物中）最大同源性为97%，与Uncultured actinobacterium clone MSB-SD2(DQ811925)最大同源性为96%，表明克隆子70代表新的分类单元。 克隆子63、91：经Ribosomal Database project数据库Classifier归类分析为酸微菌科(Acidimicrobiaceae)的Ilumatobacter，Blast比对表明这两个克隆子与Ilumatobacter (JQ665405)（来自黄河河口湿地）最大同源性为99%。 克隆子79：经Ribosomal Database project数据库Classifier归类分析为放线菌亚纲（Actinobacteria）中的链霉菌属（Streptomyces），Blast比对表明这两个克隆子与Streptomyces (JQ864373)最大同源性为99%。 * 随着库容的增大，OTUs 的数目总是在增加，这一结果说明几乎没有哪一个文库能够穷尽样品中微生物的多样性。因此，用 rarefaction curve 分析 16S rDNA 克隆文库都不可能达到平台期，Coverage C 也不可能达到 100%，当 rarefaction curve 趋于平缓或者趋近平台期时也就可以认为库容（library size）已经足够 * 克隆子37: 经Ribosomal Database project数据库Classifier归类分析为放线菌亚纲（Actinobacteria）类诺卡氏菌属(Nocardioides sp.)，Blast比对表明这克隆子37与Nocardioides (EF466109)（来自韩国飞禽岛）最大同源性为99% 。 克隆子83：经Ribosomal Database project数据库Classifier归类分析为放线菌亚纲（Actinobacteria）类诺卡氏菌属(Nocardioides sp.)，Blast比对表明这克隆子83与Uncultured bacterium clone FFCH14071（EU132847）最大同源性为99%，与Nocardioides (