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核果类果树遗传连锁图谱研究进展 　　摘要：遗传连锁图谱构建是基因组研究中的重要环节，是基因定位与克隆乃至基因组结构与功能研究的基础。近20 a来，分子生物学特别是分子标记技术的飞速发展为高饱和核果类遗传连锁图谱的构建和利用奠定了基础。目前国内外已经公布十几张核果类的遗传连锁图谱，但这些图谱均有不同的缺陷。因此，我们就核果类遗传连锁图谱的构建进展、性状的QTL定位及比较图谱应用进行了综述，并探讨了核果类遗传连锁图谱研究的前景和存在的问题。 　　关键词：核果类果树：遗传连锁图谱；分子标记 　　中图分类号：S662　文献标识码：A　文章编号：1009－9980(2009)04－532-07 　　 　　详细的高密度的遗传连锁图是遗传学家所追求的理想图谱，也是分子标记辅助选择育种的前提和基础。果树作物由于高度杂合且世代周期长等特点，要构建一个传统的遗传图谱十分困难，因而果树的遗传连锁图谱的研究进展缓慢。随着分子标记技术在植物育种中的广泛应用，果树遗传连锁图谱的构建工作得到迅速发展，尤其是核果类果树大多数基因组较小(如桃基因组仅有3.O×108bp)，其遗传连锁图谱的研究最为迅速。截止目前，国内外已经有超过10张遗传连锁图谱公开发表。果树遗传图谱位点的不断加密，为解决果树育种中存在的问题带来了新的希望，为育种者对控制性状基因的认识和精确操纵提供了手段，从而把传统育种和遗传工程紧密结合起来。我们从用于构建遗传连锁图谱的分子标记类型和方法入手，综述了核果类果树遗传连锁图谱的研究进展和应用现状，并评述了目前存在的问题。 　　 　　1　已构建的核果类遗传连锁图谱 　　 　　1.1　构建果树遗传连锁图谱的方法 　　分子标记技术的日益成熟和广泛应用使得高度杂合的多年生果树遗传图谱构建得以实现。RFLP标记具有极高的可靠性，早期的连锁框架图几乎都是利用RFLP标记构建的，它属于共显性标记，呈孟德尔式遗传，能区分杂合位点，结果稳定可靠，重复性好，特别适合于建立连锁图谱，不足是RFLP探针的开发较为困难。SSR标记是由简单序列重复次数的差异引起，通常为共显性，且一般检测到的是一个单一的多等位基因位点，在构建遗传连锁图谱中具有锚定作用。SSR标记同RFLP一样，如果要开发足够数量的SSR引物所需费用也很昂贵。由于这2种引物开发困难限制了高密度遗传图谱的构建，需要有能够迅速增加图谱密度的分子标记，才能使所构建的分子遗传图谱具有实际利用价值。RAPD标记数量从理论上讲是无限的，而且在染色体端粒及重复顺序上也可以找出RAPD标记位点。因此也可用于构建遗传图谱。AFLP标记具有多态性强、信息量大、稳定性好等优点，其检测效率是其他任何一种分子标记所不能比拟的。AFLP标记可以扩增染色体末端标记，填充空隙较大的遗传图谱，故AFLP在构建高密度的分子遗传连锁图谱中无疑是一个非常有效的工具。SRAP标记是针对序列相对保守的编码区与变异大的内含子、启动子和间隔序列设计引物，对开放阅读框(open readingframes，ORFs)区域进行扩增的标记，该标记不仅在基因组中分布均匀，而且产生的差异带将可能包含着可译框中的外显子。因此，SRAP标记也将成为构建遗传图谱的常用标记。多年生果树所用遗传群体材料有限，只有综合利用多种分子标记技术构建遗传连锁图谱，才能提高图谱的密度和准确度。 　　 　　 　　果树杂合程度高，世代周期长，获得纯系较难等因素制约了果树连锁图谱的构建。“双假测交”理论㈣是果树连锁图谱构建的理论基础。目前通常应用较多的群体是F1群体、F2群体和BC1。群体。大部分己构建的果树遗传图谱所用的分离群体一般不超过100个单株，但增大作图群体是遗传作图的发展趋势。目前常用于构建植物遗传连锁图谱的基本方法是两点测验和三点测验，使用的软件主要有Gen-Link、MAPMAKER／EXP 3.0、JoinMap2.O、Map Manag-er和MapQTL3.O等。在果树上以MAPMAKER／EXP 3.0软件最多，高妍等采用Join-Map3.O软件的CP作图模型构建了桃的AFLP分子标记遗传连锁图谱，并认为Join-Map3.O软件的CP作图模型能够增加库容量，提高作图效率。 　　 　　1.2　已构建的核果类遗传连锁图谱 　　核果类遗传图谱的构建研究开始于20世纪90年代初，Eldredge等首先应用RFLP标记开始了桃遗传图谱构建的研究。随着“双假测交”理论的提出和新的分子标记的发展，目前国际蔷薇科基因库(http：／／)已经公布了多种果树的遗传连锁图谱，如Fiesta×Diseovery苹果遗传连锁图谱和Housui ×Barflett梨遗传连锁图谱等，其中核果类遗传连锁图谱最多。Dirlewanger等最先利用RAPD标记位点构建