利用蛋白质-配体交互作用与化合物结构为基础之虚拟药物筛选群集.PDFVIP

利用蛋白質配體交互作用與化合物結構為基礎之虛擬藥物篩選群集分析- 學生：葛振寧 指導教授：楊進木 博士 國立交通大學生物資訊研究所碩士班 摘 要 我們發展了一個針對虛擬藥物篩選後處理(post analysis)的兩階段階層式分群分析 法。此方法利用蛋白質配體交互作用與化合物結構- 做為兩階段分析的主要原則。在第 一階段，篩選出的候選化合物與目標蛋白質之蛋白質配體三維結構與交互作用資訊將- 轉換成一維的實數表示，並採用階層式分群法針對候選化合物做第一階段的分群。在第 二階段中，我們以 atom-pair 一維結構分析轉換法，淬取第一階段之分群的分子拓樸結 構資訊。每一個經過交互作用分群後的群集將再進一步根據結構相似度做細分。兩階段 （交互作用與藥物結構）階層式分群分析用在虛擬藥物篩選結果之組織化與視覺化分 析，可以提升分析的速率與命中率，節省時間與經費，並且有助於未來實驗測試藥物的 挑選與進一步分析。本方法以一組